Секретные правительства являются основным ядром теории заговора. По словам «уфолога» Уильяма Л. Мура, «Маджестик-12» (Majestic-12) было кодовым названием тайного отдела правительства США во главе с президентом Гарри Трумэном. Цель отдела: борьба с инопланетными существами. Скептики говорят, что документы, которые Мур приводит в доказательство, являются подделками, и нет никакого тайного отдела.
А вот Иллюминаты — еще одна секретная организация, имеющая доступ к тайнам вселенной. Есть десятки теорий об Иллюминатах и их деятельности, некоторые из которых говорят, что это организация, которая главенствует над всеми тайными организациями. Отдельные теории гласят, что Иллюминаты являются общими потомками людей и внеземной цивилизацией рептилий. Согласно этим свидетельствам, гибридные потомки сейчас находятся у верхушек власти во всех странах мира. И точат зубы, то есть когти.
Цели у Иллюминатов достаточно обширны: от простого мирового господства до подготовки Земли к колонизации других планет. Скептики отмечают, что нет доказательств в поддержку существования Иллюминатов, но сторонники теорий заговора говорят, что отсутствие доказательств лишь подтверждает существование группы. Иллюминаты, дескать, настолько эффективно работают, что стирают почти все следы своего существования.