Междоусобицы потомков Чингисхана стали систематическим явлением и, в конце концов, и погубили империю. В 1277 году Кайду напал на Каракорум, остававшийся символом монгольской империи, хотя ее столицу Хубилай перенес в Пекин. Нападение отразил полководец Баян, которого послали на подмогу защитникам. Но в Маньчжурии Кайду нашел сторонника в лице Наяна, сына Темугэ, младшего брата Чингисхана.
В 1287 году Хубилай в походе на Ляодун во главе 100-тысячной армии разгромил Наяна. В 1289 году Баян снова победил Кайду, на время захватившего Каракорум. Однако тот продолжал воевать и после смерти Хубилая, пока не был убит в 1301 году в очередной битве за Каракорум. Только после этого потомки Угэдэя помирились с потомками Толуя.
В самом Китае правление Хубилая отличалось спокойствием и порядком. Марко Поло даже отзывался о нем, как о великолепном правителе. В отличие от последующих императоров китайцы называли Хубилая Сыном Неба. Хотя Хубилай восхищался конфуцианской ученостью, он не был китайцем и, по всей видимости, даже не знал китайского языка. Ему приходилось полагаться на монгольских воинов и военачальников, когда он командовал другими войсками. На гражданские посты он продолжил назначать уйгуров, мусульман и даже европейцев, таких как Марко Поло.
Что касается религии, то были учреждены особые министерства буддизма, даосизма, ислама, христианства и конфуцианства. Признавались также иудеи и манихеи. Изначальный монгольский шаманизм, а также магические культы Тибета и Кашмира отправлялись исключительно в рамках ханского двора. Сам Хубилай весьма почитал буддизм, не говоря уже о том, что передал Тибет под управление буддийским ламам. Ему удалось настолько укоренить буддизм среди монголов, что религия надолго пережила династию Юань.
Марко Поло открыл Китай для Европы в конце XIII века. Описание жизни Поло в Китае редко следовало хронологическому порядку, что составляет проблему в определении точного маршрута его путешествий. Но это описание достаточно точно географически, оно давало ориентацию по сторонам света и расстояниям. Кроме того, Поло, проживший в Китае 15 лет, описывал повседневную жизнь китайцев, упоминая использование бумажных денег, типичные ремёсла и кулинарные традиции различных областей.
Как и все императоры до него, Хубилай использовал бумажные деньги. Они служили эквивалентом различных ценностей, в том числе монет, металлических слитков и шелка, которые сами по себе использовались в качестве обменного средства. Бумажные деньги были обязательны для приема: любой, кто отказывался их принимать, подлежал наказанию. Их стоимость зависела от способности императора обеспечить их хождение.
Ослабление центральной власти немедленно влекло за собой инфляцию. Иностранным купцам, прибывавшим в Китай, двор платил этими бумажными деньгами, которые купцы могли обменять на понравившиеся им товары. Нечистые на руку менялы делали на этом огромные состояния.
Богатство и роскошь, поразившие Марко Поло, остались в основном со времен династии Сун. Это было остатками сунской роскоши, которые пощадил Хубилай. Марко Поло смотрел на страну глазами привилегированного иностранца. Он восхищенно описывал Великий дворец Даду, его новую мраморную отделку, его стены, дворы и залы, сокровищницу, склады и арсеналы, а также летний дворец в Шанду, окруженный лугами, ручьями и заповедником для охоты на дичь. Этот дворец был сооружен из позолоченного и крашеного бамбука, чтобы его можно было легко разобрать и перенести в другое место подобно жилищу кочевников.
Когда в 1294 году Хубилай умер, его империя досталась менее величественным наследникам.