На юге Хубилай намеревался утвердить власть монголов над царствами Юго-Восточной Азии. За исключением Аннама, где была распространена китайская культура, эти государства входили в сферу индийской культуры. Хотя их правители не были индийцами, они носили индийские имена и исповедовали индуизм или буддизм. Аннам и Чампа располагались на территории современного Вьетнама, а Мьен – на территории современной Бирмы (Мьянмы) и Таиланда.
В ходе военных кампаний 1252-1258 годов монголы достигли границы Аннама и навязали его царю, Трану Таитонгу, своего советника. Тран Таитонг, откупившись от завоевателей на севере, напал на Чампу и сделал его вассальным государством. Ему не нравились условия договора с Хубилаем, и он постоянно старался их изменить вплоть до своей смерти в 1276 году. На престоле его сменил сын Тран Тханхтонг, который не пожелал лично оказать почтение Хубилаю, тогда как от правителя Чампы Индравармана V-го Хубилай получил заверения в покорности. Впрочем, в 1280 году он объявил себя слишком старым для того, чтобы ехать на принесение присяги. Тогда Хубилай приказал своему полководцу Сугету сделать Чампу обычной провинцией. В ответ сын Индравармана, позже ставший правителем Джая Синхаварманом III, задержал нескольких монгольских послов, которые направлялись дальше на юг требовать покорности от государств Сьен и Малабар в Индии.
В 1283 году армия Чампы встретилась в жестокой битве с монголами посреди джунглей. Монголы победили и захватили крепость My Чен. Но голод и лихорадка вынудили их отступить. Другая экспедиция во главе с Сугету и сыном Хубилая Тоганом вторглась в Аннам, но из-за недостатка продовольствия была вынуждена вернуться. На обратном пути ее атаковали войска Аннама. Половина монголов погибла вместе с Сугету.
В 1287 году, несмотря на полученную дань от Аннама, Чампы и Камбоджи, Хубилай снова направил на Аннам 100-тысячную армию, сформированную в основном из китайцев. Ханой пал, но царю удалось бежать, а флот, посланный на помощь монголам, был разбит. Армии пришлось вернуться в Сычуань, неся многочисленные потери в стычках с аннамскими войсками. Новая армия для похода на Аннам была собрана лишь в 1294 году, уже после смерти Хубилая.