Впервые теорию о нерусском происхождении донских казаков высказал немецкий историк на русской службе Готлиб Байер. В работе «Краткое описание случаев, касающихся Азова от создания сего города до возвращения оного под Российскую державу», со ссылкой на византийского императора Константина Багрянородного ученый писал: «Казаки в 948 году жили в нынешней Кабарде близ Кавказских гор, где они от великого князя Мстислава...в Российское подданство приведены были».
Байер отмечал, что казаки всегда принимали в свои ряды россиян, поляков и беглецов других национальностей. Схожего мнения был и служивший на Дону генерал-майор и военный инженер Александр Ригельман. В своей работе «История, или повествование о Донских казаках» от 1778 года он писал: «Приводятся свидетельства, что казаки, если их кто москалем назовет, отвечают на это: «Я де не Москаль, но Русский, и то по закону и вере православный, а не по природе».
Сторонником нерусского и автохтонного происхождения донского казачества был и историк Василий Татищев, который считал их предками кавказских черкесов. Впоследствии высказывалась теория тюркского происхождения казаков, а в советское время считалось, что донцы потомки русских крестьян, бежавших на берега Дона от помещичьего гнета.
Решить сложный исторический вопрос удалось благодаря исследованию лаборатории популяционной генетики человека Медико-генетического научного центра, под руководством профессора Елены Балановской. При содействии организации The Genographic и за счет гранта РФФИ была организована экспедиция в станицы и хутора верхнего Дона, где собрали генетический материал 131 мужчины, предки которых имели доказанное казачье происхождение. Все индивидуумы не состояли между собой в родстве.
В работе проводился анализ STR-маркеров Y-хромосомы, который применяется в криминалистке, для выяснения отцовства и анализа разнообразия гаплотипов внутри гаплогрупп. В генетике этот метод называется «молекулярными часами» и подходит для определения возраста определенных гаплогрупп. Так как формирование казачества относительно недавнее событие, то анализ STR-маркеров Y-хромосомы подходит лучше всего.
В процессе работы ученые изучили генетику казаков и сравнили их с соседними популяциями, которые по данным историков могли иметь отношение к их становлению. Поиск генетических совпадений производился через компьютерную программу Haplomatch.
Исследование показало, что генетически донские казаки сходны с нанесением Южных областей России и Украины. В целом казачий генофонд неотличим от восточных славян. Наибольшая доля точных совпадений с гаплотипами казаков в 8% обнаружена в южнорусской популяции. 6% генетического сходства прослеживается с населением Центральной России. Самые большие потоки переселения шли с территории современных Воронежской, Курской, Орловской, Белгородской областей.
Исследование показало, что население северных регионов России практически не принимало участия в формировании донских казаков. Выявлено небольшое влияние ногайских татар, которое вызвано смешанными браками и вхождением ряда татарских родов в состав войска донского. Народы Кавказа – за исключение черкесов, генетически не связаны с донцами. Сходство с черкесами незначительно и связано с общим потоком генов между Восточной Европой и Кавказом.
Полученный результат подтверждает гипотезу миграции предков казаков из Центральной и Восточной России на Дон. Народы Кавказа и Дикого поля повлияли на культурное и социальное развитие казачьего общества, однако генетически донцы и русские неотличимы.