Третий сезон «Шифра» посвящен памяти Сергея Пускепалиса, погибшего 20 сентября... В новых сериях три бессменные героини и подполковник Проскурин, герой Пускепалиса, едут на курорт, в Кавминводы. «Мы снимали в Пятигорске, а Сергей из Железноводска, это соседние городки, — рассказывает режиссер сериала Вера Сторожева. — Мы хотели, чтобы он больше был с нами, чтобы его не рвали на части. Мы и сценарий этой истории сделали под Сережу, чтобы он подольше побыл в своих родных местах. Ему это было очень приятно».
5 серия
В санатории, где живут Анна и Ирина, происходит покушение на актера Михаила Кипелова. Девушки вновь оказываются в гуще расследования: они хотели взять у артиста автограф, а стали свидетелями покушения. Кипелов серьезно ранен. Жизнь ему спасла случайность – серебряная ложка с характерным вензелем, которую актер всегда носил в нагрудном кармане. Следствие считает, что это попытка ограбления, но в Пятигорске у Михаила была назначена личная встреча, и он собирался пробыть там всего три дня. Подруги решают выяснить, с кем должен был встретиться Кипелов.
6 серия
Подруги узнают, что у Кипелова незадолго до покушения состоялся телефонный разговор с Шумской. Ирина и Анна хотят поговорить с ней, но женщина найдена застреленной в своей квартире. Есть ли связь между преступлениями, сказать сложно, так как пулю на месте выстрела в Михаила не нашли. Анна делает копию письма из квартиры Шумской, чтобы сравнить почерк с автографом Кипелова. Она просит ничего не говорить об ее участии в деле Проскурину. Ирина предупреждает подругу, что ложь развалила ее брак с Алексеем, и что, если Анна хочет сохранить отношения с Проскуриным, они должны доверять друг другу.
7 серия
Проскурин узнает, что на воровской сходке было принято решение убить известного артиста кино. Кого именно и за что, пока неизвестно. Проскурина вызывают в Москву. В Пятигорске вместе с девушками остается Петр Натанович. Подруги выдвигают версию, что причиной воровского приговора могли послужить роли, которые сыграл Кипелов, или другой артист. Однако в арсенале Кипелова подобных ролей не было. Из разговора с директором местного клуба Ирина узнает, что в новом популярном фильме актер Залесский сыграл раскаявшегося преступника, и он сейчас в Пятигорске на съемках. Катерина выясняет, что Кипелову в санаторий звонила не Шумская: кто-то представился ее именем…
8 серия
Евгений по просьбе Ирины помогает подругам попасть на съемочную площадку фильма, в котором снимается Залесский. Девушки решают, что Залесскому также может грозить опасность. Актер рассказывает, что приезд Кипелова в Пятигорск был связан с публикацией интервью в «Советском экране», в котором Михаил откровенно рассказал о своей юности и семье. Также Кипелов упоминал семейную реликвию — серебряную ложку с орнаментом, которую всю войну носил с собой, веря в то, что она оберегает его от смерти. Полученная информация наводит девушек на мысль, что причину покушения на Михаила следует искать в его прошлом…