Учитывая уникальность Телецкого озера и всего восточного Алтая, Совнарком РСФСР Постановлением от 16 апреля 1932 г. Учредил в пределах Ойротской и Хакасской автономных областей Алтайский государственный природный заповедник (АГПЗ).
Алтайский заповедник расположен в юго-восточной части Республики Алтай на границе с Республиками Тува и Хакасия. В меридиональном направлении заповедник простирается более чем на 200 км., в широтном в среднем на 40 км. И занимает площадь 881.238 га.
Территория заповедника представляет собой типичную горную страну с перепадами высот от 434 м. (уровень Телецкого озера) до 3504 м. над уровнем моря. Ландшафты – горная тайга, альпийские луга, высокогорные тундры и степные участки. Все реки несут свои воды в Телецкое озеро. Самая крупная – река Чулышман. В заповедник включена почти половина площади Телецкого озера – одного из крупнейших водоёмов Южной Сибири: его длина – 77,7 км., максимальная ширина – 5,2 км., максимальная глубина – 325 м., объём – 40 куб. км. Прозрачность воды достигает 15, 5 м. Второе по величине озеро в заповеднике – Джулукуль, длиной 10 км., расположено в истоке реки Чулышман на высоте 2200 м. над уровнем моря.
Климат в заповеднике континентальный, причём континентальность нарастает к югу. Ещё резче меняется климат по вертикали. За несколько часов можно подняться от тёплого берега озера до тундровых карликовых деревьев, гольцов и даже снежников, пройдя при этом через несколько климатических поясов. В целом климат в заповеднике варьирует от сурового резко-континентального в высокогорье до мягкого с морскими чертами в прибрежной части Телецкого озера. Наибольшее количество осадков выпадает в северной части заповедника (в Яйлю – 800 мм).
По видимому разнообразию сосудистых растений Алтайский заповедник не имеет себе равных в России. Здесь встречается около 1450 видов, относящихся к 105 семействам. Из них 24 редких – виды, включённые в Красные книги СССР и РФ, напр.: башмачок крупноцветковый, лук Алтайский, кандык сибирский, ковыль перистый и др.
В заповеднике обитает 67 видо млекопитающих. Многие из них обычны – марал, кабарга, соболь, медведь, белка, длиннохвостый суслик и др. Некоторые чрезвычайно редки, среди них ирбис и аргали. Разнообразно население птиц, их отмечено 323 вида. Среди редких – алтайский улар, журавль-красавка, балобан, чёрный гриф, орлан-белохвост, скопа и др. Амфибии и рептилии представлены 8 видами. В водоёмах живут 15 видов рыб, в том числе два вида (сиг Телецкий и сиг Правдина) встречаются только в Телецком озере и в верхнем течении реки Бия. Видовой список беспозвоночных превышает 5000.
Научный профиль заповедника: комплексное изучение природы и динамики природных процессов в горно-таёжных, степных, высокогорных и водных экосистемах Алтая. Алтайский заповедник неповторим по красоте: своеобразные ландшафты, десятиметровые каменные «грибы»-станцы, каскады водопадов, которых в заповеднике около полутора сотен, и жемчужина Алтая – Телецкое озеро.