Этот сезон «Шифра» посвящен памяти Сергея Пускепалиса, погибшего 20 сентября в ДТП под Ярославлем... В новых сериях подруги, которых связывает военное прошлое, работа в спецотделе ГРУ, продолжают вести расследования и помогать следственным органам в особо запутанных делах. На этот раз Ирина (Марьяна Спивак) и Катерина (Елена Панова) отправляются в Кавминводы, куда приглашает их Анна (Екатерина Вилкова). Они с Проскуриным (Сергей Пускепалис) планируют сыграть свадьбу и отдохнуть, но вместо этого им приходится начать расследование.
1 серия
Анна отправляется с Проскуриным на отдых в Пятигорск, где Константин делает ей предложение. На свадебное торжество в Кавминводы Анна приглашает своих подруг – Ирину и Катерину. На курорте девушки встречают старого товарища по ГРУ — Михеева. Смерть Михеева нарушает все планы Анны, Ирины и Катерины, которые понимают, что не могут остаться в стороне от случившегося. Тем более, накануне своей гибели Михеев просил Анну разгадать некий немецкий шифр…
2 серия
Совершено покушение на директора краеведческого музея, Осечкина. Девушки подозревают, что гибель Михеева и покушение на Осечкина связаны: преступники искали то, что Михеев мог передать в музей. Следствие устанавливает пропажу оружия из раскопок, переданного туда на хранение. Егерь Бостанов рассказывает о конфликте Михеева и Грека – последний занимался нелегальным сбытом трофейного оружия. Проскурин и Анна решают отложить бракосочетание до конца расследования.
3 серия
Проскурин возглавляет следствие. Из Москвы прибывает его группа — Жуковский и Петр Натанович. Катерина сообщает Греку, что хочет договориться о покупке трофейного оружия и познакомить его со скупщиком, от чьего имени она и действует. Грек соглашается. Жуковский должен сопровождать Катерину. Засада, которую устраивают милиционеры и Проскурин, проваливается. Анна пытается разгадать, что же все-таки просил ее расшифровать Михеев перед смертью. Анну похищают…
4 серия
Проскурин и Катерина с Ириной обнаруживают, что Анна пропала. Дежурная вспоминает, что перед исчезновением той звонил мужчина. Девушки уверены, что их подругу похитил и удерживает тот, кому необходим ее уникальный талант шифровальщицы. И, раз Анна вышла к этому человеку, значит, он был ей знаком...