Эпидемиологические и клинические данные, хотя и не до конца изученные, свидетельствуют о том, что аутоиммунные заболевания могут быть вызваны инфекциями.
Было высказано предположение, что при рассеянном склерозе пожизненная инфекция вирусом Эпштейн - Барр или цитомегаловирус создает пул аутореактивных Т-клеток памяти, которые могут реактивироваться при воздействии антигенов, высвобождаемых после повреждения ЦНС . Точно так же высокие показатели предшествующей инфекции были отмечены до заболевания, связанного с MOG-антителами. Молекулярная мимикрия между аутоантигенами хозяина и микробными антигенами является ведущей гипотезой, объясняющей эту связь. Циркулирующие аутореактивные Т-клетки с низкой авидностью, которые могут иметь необычные конформации связывания с собственным MHC и не вызывать патологии, могут быть активированы перекрестной реакцией с высокоаффинными или высококонцентрированными патогенными пептидами, полученными из инфекционных агентов. Перекрестная реактивность вероятна, поскольку один рецептор Т-клеток может распознавать широкий спектр различных эпитопов (дегенерация TCR)и, это важно, потому что порог активации периферических Т-клеток ниже, чем порог отрицательной селекции в тимусе.
Классически молекулярная мимикрия постулировалась на основе общих эпитопов между стрептококками группы А и сердечными гликопротеинами, приводящими к ревматической лихорадке. В отношении нервной системы были приведены убедительные доказательства развития синдрома Гийена-Барре (GBS) после инфекции Campylobacter jejuni. Антитела против липоолигосахаридных антигенов клеточной стенки C. jejuni перекрестно реагируют с ганглиозидами (почти идентичными собственными антигенами), которые являются основными составляющими мембраны нервных клеток. Животная модель на кроликах, у которых иммунизация липоолигосахаридом C. jejuni приводит к нейропатии, подобной GBS, подтверждает эту гипотезу. Однако важно отметить, что <0,1% C. jejuniу инфицированных людей развиваются перекрестно-реактивные антитела и синдром Гийена-Барре, что поднимает вопросы о более широкой значимости модели молекулярной мимикрии для причинности аутоиммунных заболеваний.
В качестве альтернативы, первичное повреждение ткани ЦНС (например, после энцефалита Herpes simplex, который, как известно, вызывает энцефалит NMDA), может привести к высвобождению и экспорту аутоантигенов, которые дренируются в ЦНС, дренируя глубокие шейные лимфоузлы.
Открытие лимфатических сосудов в твердой мозговой оболочке, дренирующихся в шейные лимфатические узлы, указало на путь, по которому антигены ЦНС могут достигать периферических иммунных тканей. В подтверждение этого при экспериментальном аутоиммунном энцефаломиелите (EAE) антигены миелина, связанные с дендритными клетками, были обнаружены в шейных лимфатических узлах приматов.