Возможны все три варианта, но конкретный предлог зависит от контекста.
Используйте experience IN, если говорите о своем опыте в какой-то области.
▫️His experience in marketing brought him this new position.
Experience WITH употребляется, когда речь идет об инструментах, которыми вы умеете пользоваться - в том числе и о софте.
▫️I have profound experience with Microsoft Excel.
Experience OF будет правильным выбором, если говорите о личном опыте, часто - физическом и связанном с лишениями.
▫️He has experience of poverty during his university years.
PS. Больше контента в телеграм-канале Business English