Прогресс аэропорта, как и мирную жизнь разрушила война. Настали совершенно другие времена. По поручению командира эскадрильи Георгия Сербина были предприняты прозорливые меры. На многие ПО-2 установили двойное управление, а техников обучили выполнять взлёт и посадку самолёта, на случай, если пилот будет не в состоянии это сделать.
В первые дни жизнь, казалось бы, текла своим чередом. Пассажирские и почтовые самолёты летали по расписанию, в мастерских кипела работа. Но изменилось психологическое состояние: печальные вести с фронта и общая тягостная атмосфера присущая военному времени, давили на работников авиаотряда. Многие сотрудники ушли служить в ВВС. Остальные продолжали выполнять полёты, которые все чаще были связаны с нуждами военного времени, пока в ноябре 1941-го Азово-Черноморское авиауправление не было реорганизовано в особую Северо-Кавказскую авиагруппу действующей Советской Армии. 218-й Краснодарский авиаотряд превратился в 3-ю авиаэскадрилью, в составе которой числилось 80 человек. Её командиром назначили М. Шнаревича. Чуть позже эскадрилья перешла в оперативное подчинение 44-й воздушной армии под руководством генерал-лейтенанта Нанишвили.
Кубанских авиаторов научили летать в ночных условиях, обращаться с парашютом, пользоваться противогазом. Технический состав тщательно готовил самолёты к вылетам. Весь лётно-технический состав был расквартирован тут же, на аэрордроме. Уже через месяц весь состав был переодет в военную форму, а пилотам и техникам были присвоены звания младших лейтенантов.
Работа на линейке выполнялась круглосуточно, так что у авиаторов не было права уходить домой. Фронт постепенно подходил к городу,и тут, как нельзя кстати пригодились юркие ПО-2. Прямо перед носом у противника они доставляли приказы командования и документы в различные части. Связь с которыми была уничтожена.
Можно ли воевать на ПО-2 с фашистской эскадрильей? Как показала история, без труда. Легкомоторный самолёт может садиться у передовой, перевозить срочные донесения, перебрасывать командный состав с одного участка на другой. А ещё ПО-2 оказался отличным бомбардировщиком, который может совершенно незамеченным бомбить расположение противника. Именно они составили основу 46-й гвардейского ночного бомбардировочного авиационного полка, прозванного «Ночными ведьмами». В своё время его командир Евдокия Давыдовна Бершанская командовала авиазвеном 218-го авиаотряда специального применения.
3-я эскадрилья успешно проявила себя во время боевых действий в сложных условиях Крыма. 1 января 1942-го года авиаторы выбили врага из местечка Семь Колодезей, после чего временно базировалась в Крыму. В апреле, после потери полуострова эскадрилья опять вернулась в Пашковский аэродром. Но обстановка ухудшалась. Летом 1942-го тучи нависли уже над Краснодаром. Пришлось перебазировать эскадрилью сначала в Майкоп, а затем и в Сочи, надолго покинув город. Никто не знал, насколько пилоты эскадрильи оставляли свои семьи и что их ждёт дальше. Приказ есть приказ. Покидая аэродром были взорваны маслозаправщики, ангары и другие производственные помещения, которые ни в коем случае не должны были попасть в руки врага.
Краснодарцы оказались в Закавказской авиагруппе, которая была преобразована в 8-й отдельный авиаполк. А 3-я эскадрилья вскоре сменила цифру и стала 4-й. На верных ПО-2, в тяжелейших горных условиях они оказывали помощь оборонявшимся боевым частям на высотах до двух и более тысяч метров, обороняя склоны, и порой ущелья. Самолёты не только участвовали в боях, но и перевозили раненых, доставляли боеприпасы, оружие, являясь, зачастую. Единственным связующим звеном с большой землёй.
Вспомните эти простые самолёты, соотнесите с условиями, и вы поймёте, что такое высший пилотаж на самом деле. Только представьте площадку длиной 100 метров, на высоте более двух км. Вокруг клыкастые скалы, бездонные пропасти. Видимость, зачастую была минимальная, дул сильнейший ветер. А связи с землёй порой просто не было. Но выхода не было – другой транспорт сюда бы просто не добрался.
Огромная ответственность лежала на техниках, которые в состоянии физического и морального истощения, недоедая, недосыпая готовили самолёты к вылетам и долгим перелётам, изобретая приспособления, которые позволяли самолётам летать в морозы и страшную пургу. Подчас, они совершали чудеса, возвращая к жизни машины, которые по всем законам логики нужно было списать. Но сколь же высок уровень их ответственности, что они, проявляя талант и изобретательность в условиях дефицита воскрешали самолёты, которые после этого летали десяткичасов.
А что происходило в самом аэропорту? Весной 1943-го, после освобождения города, Грузинское управление ГВФ направило в Краснодар звено из 6 самолётов, что послужило началом возрождения аэропорта. В короткий срок были возобновлены полёты по почтовым кольцам, а уже после, по мере пополнения авиапарка, в расписание вернулись пассажирские перевозки и авиационно-химические работы. Все это давалось с огромным трудом. Качество самолётов, поступавших из расформированных частей армии, требовала огромных усилий для того, чтобы привести их в надлежащий для полётов вид. Все ангары и производственно-служебные помещения также лежали в руинах. Поэтому личному составу, буквально собственноручно приходилось все отсраивать.
Победу краснодарцы встретили на участке 2-го Прибалтийского фронта в Бардыни-Цесис. 97-й авиаполк и 1-ю авиаэскадрилью ГВФЫ расформировали, и крансодарцев направили в 218-й авиаотряд, который вновь стал базироваться в Краевой столице Кубани. Впереди были сложные послевоенные годы.
Краснодарские авиаторы вписали своё имя в историю, за что получили заслуженные награды и звания. К сожалению, не всем повезло вернуться с той войны. В память о них в аэропорту Краснодар по сей день стоит памятная стела.