Ученые Алтайского государственного университета завершили один из этапов создания уникальной базы данных размеров геномов хозяйственно ценных, редких и эндемичных растений. К 2023 году база данных будет включать более 3000 записей по более чем 150 видам уникальной флоры Алтая.
Сегодня она уже доступна онлайн на сайте genome.asu.ru. В настоящий момент накоплено более 700 записей по редких и эндемичным, лекарственным, пищевым, медоносным, кормовым и прочим хозяйственно-ценным видам растений с территории Алтая.
Проект проводится в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы по лоту II «Биоресурсные коллекции» Российской Федерации совместно с Ботаническим институтом им. В. Л. Комарова РАН.
Факт начала работ по базе данных удачно синхронизирован с работой директора ЮСБС АлтГУ, профессора Александра Шмакова в составе межведомственной комиссии по вопросам формирования, сохранения и использования коллекций генетических ресурсов. Комиссия создана отдельным указом президента России в целях обеспечения координации деятельности Национального центра генетических ресурсов растений на базе Федерального исследовательского центра Всероссийского института генетических ресурсов растений имени Николая Вавилова.
«Проект по размеру генома растений Алтая имеет значительный потенциал для развития и фундаментальную основу. Наш ключевой заказчик по проекту и давний партнер — Ботанический институт РАН. Институт является стратегическим партнером и членом консорциума по программе "Приоритет 2030"», — отмечает директор Южно-Сибирского ботанического сада АлтГУ, профессор Александр Шмаков.
Исследования по оценке размера геномов (относительное содержание ДНК) растений настоящей базы данных выполняются в Лаборатории биоинженерии АлтГУ по уникальной в России методике проточной цитометрии растений.
Регулярно на базе Южно-Сибирского ботанического сада проводится всероссийская молодежная школа по проточной цитометрии и молекулярной филогении растений. Школа запланирована и на 2023 год в рамках проекта Биоресурсных коллекций. Проточная цитометрия — перспективное направление молекулярной биологии, чрезвычайно востребованное в Европе. Исследования в области молекулярной генетики растений давно положительно оценивают ведущие эксперты России.
«В Европе подобная база данных функционирует только в Королевских ботанических сада Кью. База данных позволяет относительно быстро и очень дешево идентифицировать виды и гибриды растений как из природной среды, так и культурные линии растений. По сути, мы начали выдавать генетические паспорта и начали со своих алтайских представителей, выражаясь яснее, таксонов растений, произрастающих на территории Алтая“, — рассказывает научный сотрудник ЮСБС Михаил Скапцов.
Результаты реализации проекта по созданию базы данных были доложены летом 2022 года в Санкт-Петербурге на Первом научном форуме «Генетические ресурсы России» на секции «Коллекции как основа изучения генетических ресурсов растений и грибов». Тема доклада звучала так: «Новые подходы в исследовании фиторазнообразия и генетических ресурсов Алтайской горной страны как основа для глобальной интеграции больших данных Гербария ALTB и обмена научными результатами».
«Однако наша база данных выделяется и среди прочих биоресурсных коллекций оригинальным решением — она объединяет молекулярно-генетические и цифровые технологии (‚биоинженерия‘ — оценка размера генома и ‚информатика биоразнообразия‘ — оцифровка естественно-научных коллекций)», — комментирует научный сотрудник ЮСБС Алексей Ваганов. — Важно отметить, что все полученные результаты также индексируются в GBIF (Глобальном информационном фонде по биоразнообразию), что позволяет мгновенно включать их в научный оборот в наиболее доступном виде посредством использования мировых спецификаций данных. Именно поэтому полученные молекулярно-генетические данные и сведения о пространственном местонахождении видов перспективных видов растений открыты, доступны и тем самым более востребованы».