Возникновение церкви, её понятия, имело большое значение для разрешения тех христианских споров, о которых говорилось ранее. Считалось, что всё, что идет от церкви – истина, а заблуждаться могут лишь отдельные христиане. Тертуллиан – раннехристианский писатель и апологет – поясняет это тем, что церковь приобрела тот самый Святой Дух от Иисуса через создателей общин, апостолов.
Все вопросы внутри общин решались клиром – совокупностью общинных руководителей. Они разрешали споры, регламентировали повседневную жизнь, обряды. К ним относятся епископы, пресвитеры и дьяконы. Эти должности были выборными и имели большой авторитет. Обряд посвящения в эти должности назывался рукоположением.
Важным источником по этому вопросу являются письма Игнатия, в которых он говорит о необходимости возвышения епископа. Он говорит о большом значении епископа для церкви, о том, что нельзя без участия епископа принимать какие-либо решения, и именно епископ утверждает всё, что касается церкви. Самым главным обрядом для христиан являлось причащение, и Игнатий говорит о том, что только у епископа должно быть право на его осуществление.
В отдельных общинах, даже в начале II века руководство осуществлялось пресвитерами, они же могли проводить обряд рукоположения епископов. Однако всё же во II-III веках руководство сосредотачивается в руках епископов, которые становятся самостоятельными руководителями. Это было обусловлено ещё и тем, что среди последователей христианства увеличивалось число образованных людей и людей из средних и высших слоёв, у которых были способности к осуществлению руководства. Хотя иногда в должности епископов оказывались и люди из низших слоёв.
Епископы отвечали за организационные вопросы, богослужения, вероучение и занимались судами. Из-за большого спектра функций епископа им было сложно зарабатывать средства для жизни, поэтому обычно содержались они за счёт общины и её участников. Остро стоял именно вопрос суда и вынесения наказаний, который стал особенно актуальным в периоды жестких гонений на христиан со стороны государственной власти, когда многие христиане были вынуждены под страхом смерти отречься от веры и делать то, что было велено императором. Причём подобное отхождение от веры наблюдалось не только со стороны обычных христиан, но и среди высших лиц общины.
В первое время распространения христианского учения, проповеди осуществлялись везде, где были слушатели. С появлением церкви и выделения епископов богослужения начали принимать церемониальный вид. Это привело к появлению специальных помещений для их проведения. Такие здания строились специально там, где была для этого возможность. Позже церковные здания начали строиться по всей империи.
Однако, всё описанное выше, не означало окончательное формирование унитарной церковной организации. Епископы осуществляли полное руководство, но распространялось оно на их общины. Обычаи же в разных общинах продолжали иметь некоторые отличия. Эти расхождения пытались обсуждаться между общинами, но обычно согласия не возникало и они продолжали существовать.
Разногласия, в свою очередь, способствовали формированию христианского канона, а также объединению между собой отдельных епископальных общин. Позже, среди епископов различных провинций начал выделяться один, который занимал главенствующее положение над всеми остальными. Такие епископы получили звание митрополитов.
Наряду со сложностью иерархии старших церковных служителей растет и число разных низших званий: возникают такие должности как помощники дьяконов, чтецы и различные служители. Так, церковь становится многоступенчатым учреждением. Однако, полное её формирование продолжалось ещё долгое время.