«Почтеннейшая публика! Не проходите мимо! Уникаааальное представление! Нигде больше в научччном мире! Мышь и кретин становятся гениями прррямо на ваших глазах!!!»
Повествование в книге ведется в виде дневника отчётов от лица 32-х летнего Чарли Гордона. Он работает в пекарне за 11 долларов в неделю и ходит в школу для умственно отсталых. Чарли наблюдается в клинике, где над ним проводят опыты. Бумажный тест, где нужно было пройти лабиринт Чарли не понял и тогда доктор показывает, как это делает мышь. Так Чарли знакомится с Элджерноном.
Над Чарли собираются провести операцию и улучшить его интеллект. Про операцию никому рассказывать нельзя, хоть никто и не может объяснить почему. Он очень старается слушать во всех докторов потому что очень хочет стать умным. Это будет первый опыт на человеке и все очень надеются, что всё получится. В день операции все нервничают и желают Чарли удачи. Из-за этого он тоже нервничает. Но он надеется, что станет умным и родители заберут его домой.
Чарли проводят операцию. Теперь остаётся ждать и наблюдать. Проходит время, Чарли всё также ходит на тесты, соревнуется с Элджерноном и расстраивается, что не становится умным. Доктор объясняет, что на это нужно время, как и в случае с Элджерноном. Тогда Чарли узнал, что мыши сделали такую же операцию, как и ему.
Чарли возвращается на работу в пекарню, но продолжает ходить каждый день в клинику. В пекарни ему рады, особенно посетители. Он делает всех веселыми, например, когда кто-то говорит: «Ты как Чарли Гордон», все смеются.
По отчетам видно, что Чарли стал допускать чуть меньше ошибок, а также замечать некоторые вещи. Однажды «друзья» приглашают его в бар и накачивают виски. Они просят Чарли что-нибудь рассказать и показать, как он убирает туалеты; Чарли добродушно делает всё, о чём его просят и очень рад, что всем весело.
Наконец-то Чарли побеждает Элджернона в лабиринте. Сначала он радуется, но потом понимает, что теперь из-за этого мышь не получит свою награду-еду.
На работе все удивляются изменениям Чарли, но никто не знает про операцию, поэтому считают это настоящим чудом. Чарли назначают пекарем. Он все быстрее учится и его учительница, мисс Кинниан, очень довольна.
«Друзья» Чарли видят, что он умнеет и начинают издеваться. Фрэнк и Джо пригласили Чарли на вечеринку и, подмешав в колу алкоголь, напоили. Чарли не понимает почему он падает, ведь он не пил. Фрэнк и Джо довольны, что Чарли позориться при всех. Теперь он понимал, что все эти люди вовсе не друзья ему и стал вспоминать другие случаи, когда над ним издевались. И ему, первый паз в жизни, стало стыдно. Над ним издевались всю жизнь, а он даже не понимал этого.
С возрастанием интеллекта у Чарли появляется много вопросов. Теперь его беспокоит, что о нем думают и в каждом непонятном жесте или слове он видит издевку. Он всё больше читает.
Прошлая жизнь вспоминается ему в виде отрывков. Он вспомнил, как мама ругалась с учителями, утверждая, что он нормальный ребёнок. Как била Чарли, обучая его. Ругалась с отцом и всеми остальными, кто утверждал, что её ребенок идиот. Мама просто не хотела признать очевидное.
Чарли приглашает Алису Канниан на свидание. Она соглашается, но ведет себя довольно холодно. Чарли злится и чувствует себя жалким. Он понимает, что влюбился.
Скорость обучения Чарли поражает всех вокруг. Он прочитывает страницу книги за секунду. Его знания возрастают с каждым днем и теперь умные разговоры других кажутся ему «детским лепетом». Профессора и специалисты уже не кажутся ему такими умными, они не могут ответить на интересующие Чарли вопросы. Да и Алиса уже не кажется такой прекрасной.
Против Чарли ополчились все работники пекарни и мистеру Доннеру, хозяину пекарни, пришлось выгнать его. Чарли тяжело переживает это, ведь пекарня была его домом с 17 лет, а мистер Доннер заменил отца.
Отрывки прошлого продолжают врываться в его сознания и бить по голове тяжелым грузом. Он вспоминал, как сестра говорила подругам, что Чарли вовсе не брат ей. Как мать все время кричала на него и не могла свыкнуться с мыслью, что её сын умственно отсталый.
Теперь интеллект Чарли 185, и он понимает, что далек от Алисы; она тоже это понимает. Чарли летит вместе со своими докторами и Элджерноном на конференцию, где представлен опыт, проведенный над Чарли. В ходе беседы и дискуссий Чарли понимает, что его врачи очень далеки от гениальности их знания слабы даже в собственном деле. Во время выступлений докторов Чарли только и слышит, что он «продукт опыта», «стал человеком»; а также, выслушав доклады, он вдруг понимает, что все выводу врачей преждевременны и его изменения не проверены положенным сроком. Чарли забирает Элджернона и уходит с конференции.
Пресса пестрит заголовками о случае на конференции. За поимку Элджернона предлагают награду. Чарли снимает квартиру в Нью-Йорке и начинает встречаться с соседкой-Фэй.
Чарли начинает своё собственное исследование и возвращается в лабораторию. В поведении Элджернона происходят изменения. Он уже не может проходить лабиринт, как делал это раньше. Чарли пугают мысли, что будет с ним самим. Он все больше погружается в изучение проблемы.
Через несколько дней Элджернон умирает, исследования показали, что ошибка в самом эксперименте. Чарли начинает замечать изменения и в себе.
Он приходит к матери и сестре, чтобы повидаться. Мать становится забывчивой и бессвязно что-то говорит или плачет, сестра рада видеть, что брат в порядке и сожалеет, что они бросили Чарли. Но сам он понимает, что, если бы остался прежним, сестра бы не говорила этого. Он старается простить их, ведь иначе смысла в жизни у него не остаётся.
Алиса приезжает к Чарли и убеждает, что это не из-за жалости, а для нее самой. Он наконец-то отпускает себя и понимает, что по-настоящему любит эту женщину. Ради неё он старается держаться, как можно дольше. Иногда он видит маленького Чарли Гордо и понимает, что он прежний возвращается. Появилась забывчивость, апатия, рассеянность; Чарли забывает прочитанное. Писать и печатать все сложнее, координация ухудшается. Чарли срывает зло на Алисе и в конце концов прогоняет его.
Чарли снова взяли работать в пекарню. В его отчетах появилось куча ошибок, он забыл почти все, что с ним произошло за последние время. Он снова пошел в школу, но, когда увидел Алису и последние проблески памяти всплыли, Чарли ушел. Он отправился в интернат для умственно отсталых, где ему самое место, как всю жизнь все говорили. В последнем отчете он попросил положит цветы на могилу Элджернона.
Очень тяжелое произведение морально. Жестокость, через которую прошел гг очень трудно воспринять нормальному человеку. Его шанс на полноценную жизнь, может быть, и был самым тяжелым испытанием? Вкусить все радости полноценной жизни и понимать, что вот-вот это исчезнет – верх цинизма судьбы. Лучше бы не было этого всего? Но разве не каждый человек имеет права попробовать чувствовать всё, что дано прочувствовать в это жизни? Может он был «нормальным человеком» всего четыре месяца, но он был. И все эти испытания стоили того, чтобы познать всю силу человеческого разума. И не важно, что это за чувство: раздражительность, презрение, стыд, обида, радость, любовь. Мышонок Элджернон, как параллель одиночества гг, сыграл свою роль. Благодаря этому персонажу произведение и получилось таким трогательным.