К гражданской войне добавились и осложнения с китайцами. Договор о мире, который Хубилай заключил с империей Сун после смерти Мункэ, долго не продлился. В этих условиях в 1261 году Хубилай объявил, что на смену китайской династии Сун должна прийти его собственная династия Юань.
Победа над династией Сун была необыкновенно гуманной. Хубилай объединил весь Китай под своей властью. После планомерного захвата всех территорий Китая императрицу с сыном доставили ко двору Хубилая. Там они на положении почетных пленников прожили в роскоши до 1288 года. Затем отправились в Тибет изучать буддизм и приняли там монашество. Сокровища, предметы старины и книги, хранимые в Линьане, монголы перевезли в Даду, но частную собственность ученых, храмов и богатых домов не тронули.
Продолжалось сопротивление в провинциях Южная Цзяньси, Фуцзянь и частично Гуандун. Однако провозглашенный императором Ши умер в 1278 году на острове Цзянчжоу близ Учуаня. Китайцы провозгласили императором Бина и продолжили сопротивление. Но вскоре весь юго-восток перешел к монголам, а Бин утонул в море вместе с последним своим соратником. В 1279 году династия Сун прекратила свое существование.
После этого Хубилай беспрепятственно принял титул Сына Неба, как традиционно именовали китайских императоров. Издавна правители Китая считали свое государство Чжунго, или «Срединное царство», центром цивилизации, а жителей окраин – варварами, которые должны поклоняться представителям власти и которых в иные времена следовало покорять силой. Хубилай охотно воспринял эту идею после того, как поставил себя в один ряд с величайшими императорами истории. При этом он продолжал придерживаться монгольского представления, согласно которому завоевание мира – это исполнение воли Великого Синего Неба. В этом смысле он продолжал завоевание мира, начатое Чингисханом, однако без традиционного массового кровопролития.
В 1271 году, когда было официально объявлено о начале династии Юань, Хубилай ввел новый порядок, разработанный Яо Шу и называвшийся «государственным порядком». Правил он в Пекине, куда окончательно перенес ставку из Каракорума.