После смерти Гуюка вновь встал вопрос о престолонаследии. Ханом стал сын Толуя Мункэ, которого поддержал Бату. Это решение утвердил курултай 1251 года. Ведущая роль перешла к дому Толуя, при котором у монголов появилось несколько способных правителей, но им также пришлось столкнуться с новыми опасностями.
Мункэ был строгим и требовательным правителем, пытавшимся возродить среди монголов былую простоту нравов. Он обложил население умеренными налогами, отменил долги и ввел прогрессивный подоходный налог. Доходы провинций шли на содержание местных войск и почтовых станций.
Мункэ известен еще тем, что принял судьбоносное решение перенести столицу империи из Каракорума в другое место. Подыскать подходящее место он поручил Хубилаю. Хубилай, обратившись к своим китайским советникам, сначала выбрал Лункан – к северо-востоку от Долоннур. Он назвал его Шанду и позже сделал своей летней резиденцией. Но Хубилая обвинили в том, что он защищает интересы китайцев и готовит заговор. Впрочем, Мункэ снял все обвинения. Тем не менее, против Хубилая были настроены многие высокопоставленные монголы, которые позже развязали гражданскую войну против него.
В 1257 году монголы решили разрушить сунскую столицу Линьань (современный Ханьчжоу). Сунцы оказали неожиданно сильное сопротивление. Военные действия задержали Мункэ в Китае, там он заболел и 11 августа 1259 года умер.
На курултае императором был избран Хубилай, который объявил перемирие с сунцами с требованием выплатить дань. Однако с избранием не согласился Ариг Буга в Каракоруме, который хотел объявить себя Великим ханом. Гражданская война между Хубилаем и Ариг Бугой, двумя претендентами на трон, продолжалась до 1264 года, когда Ариг Буга потерпел поражение и был захвачен. Он прожил в почетном плену до 1267 года, года своей смерти. А монгольская империя разделилась на два лагеря – на западе Хулагу поддерживал Хубилая, а Берке, ставший ханом Золотой Орды, поддерживал Ариг Бугу.
В это время Кайду в Центральной Азии в 1268 году начал войну против Хубилая и отрезал его от запада.