Первые ООПТ в Алтайском крае созданы в 1952 г. – заказники Ненинский и Сары-Чумышский. Следующие 10 лет новых заказников в крае не организовывалось. Только в 1963 г. создаются заказники Завьяловский, Мамонтовский и Обской, 1964 г. – Касмалинский. С 1969 по 1978 гг. организуется еще 18 заказников: Волчихинский, Бобровский, Егорьевский, Алеусский, Панкрушихинский, Кулундинский, Большереченский, Лебединый, Корниловский, Тогульский, Благовещенский, Кислухинский, Уржумский, Чинетинский, Залесовский, Чарышский, Склюихинский, Инской. В 1981 г. создан Гилевский (ныне Лифляндский) заказник, в 1989 г. – Ондатровый (ныне Пеликаний), в 1992 г. – Михайловский и Ельцовский, в 1993 г. – Соколовский, в 1994 г. – заказник Озеро Ая (с 2003 г. – в составе природного парка Ая).
Большинство современных заказников края были организованы в 70-е годы XX столетия как охотничьи хозяйства с целью регулирования численности промысловых животных сроком на 10 лет. В 1980-1984 годы срок их деятельности был продлен еще на 10 лет. Позднее Постановлением администрации Алтайского края от 07.10.1999 г. «О продлении срока действия государственных природных заказников краевого значения подведомственных Управлению по охране, контролю и регулированию использования охотничьих животных при главном Управлении сельского хозяйства и продовольствия администрации Алтайского края» действие 26 природных краевого значения продлено бессрочно и придан комплексный профиль. Созданные после 1992 г. заказники на это время еще имели юридическую силу, после окончания срока действия они автоматически перешли в разряд бессрочных. В том же 1999 г было организовано еще 3 новых заказника и заповедник Тигирекский. Существовавшие с 1978 г. Склюихинский и Инской заказники были упразднены. В 2001 г. создан Бащелакский заказник, в 2003 – заказники Локтевский и Полуостров Струя, природный парк Ая, в 2013 г. – заказник Чарышская степь, в 2015 – заказник Хабарский, в 2017 – заказник Урочище Рублево и природный парк Предгорье Алтая, в 2020 – национальный парк Салаир. Заказники Ельцовский, Сары-Чумышский, Тогульский упразднены. Последние два ныне существуют в категории памятников природы.
Первые на территории края памятники природы: Озеро Ая и Озеро Лебединое были созданы в 1974 г. На протяжении 4 лет они были единственными ООПТ этой категории. Затем, начиная с 1974 г. количество организуемых памятников природы стало резко увеличиваться и меняться. В 1978 г. существовало 27 объектов этой категории, в 1979 г. – 67, в 1980 г. – 8, в 1981 г. – 42, в 1982 г. – 78, в 1991 г. – 32, в 1992 г. – 1, в 1996 г. – 140, в 1994 г. – 1, в 1995 г. – 9. В настоящее время в статусе памятников природы находятся 75 объектов, учрежденных в период с 1998 по 2020 г. Таким образом, за все годы существования памятников природы в Алтайском крае в статусе таковых со значением от местного до федерального побывало более 450 природных объектов.
На сегодняшний день в крае функционируют природный заповедник Тигирекский, национальный парк Салаир, 2 природных парка, 35 государственных природных заказников и 78 памятников природы краевого значения общей площадью 777 000 га.