К моменту смерти Угэдэя монгольская империя объединила всех кочевников северных степей. Собственно монголов тогда насчитывалось около миллиона, включая женщин и детей. За пределами Монголии в основании государства находились тюрки и другие кочевники, из числа которых набирались простые воины.
Каждый из сыновей Чингисхана (за исключением верховного правителя Угэдэя) управлял своим великим улусом, но мог набирать войска и получать прибыль и из других улусов. Таким образом, центральная власть объединяла все области империи. Кроме того, у каждого (и у Великого хана в том числе) имелись личные земли - «индже», предоставлявшие все необходимое для содержания двора. Свои земли были и у младших представителей «золотого рода», а крупные нойоны получали наделы, которые назывались «хуби».
Обычно индже представлял собой участок степи, но если там находились постоянные поселения, то князь получал только часть налогов, а оставшееся отправлял Великому хану. При этом князья и нойоны могли полностью распоряжаться другими ресурсами своих владений.
Ниже ханов областей стояли нойоны различной степени, непосредственно управлявшие туменами хозяйств, учрежденными в последней стадии завоевания. На территориях кочевников гражданская и военная власть почти не различалась, поскольку все взрослые кочевники автоматически становились воинами. В оседлых землях административную власть исполняли «даругачи» (по-тюркски «баскаки»), собиравшие налоги и следившие за порядком. У них в подчинении находились местные войска, но при необходимости они могли попросить монгольского военачальника о помощи.
Весьма существенной частью гражданской службы была имперская почта, или «ям», от этого слова и произошло слово «ямщик». Служащие почты перевозили приказы и донесения, на почтовых станциях предоставляли транспорт для переезжающих чиновников и иностранных послов. На каждой почтовой станции держали определенное количество лошадей, кобыл с жеребятами и овец для мяса; чиновники, имевшие как знак власти особые таблички «пайцзы», сменяли здесь лошадей, оставляя уставших и пересаживаясь на новых.
Налоги состояли из ежегодной дани монголам; кроме того, купцы и ремесленники регулярно предоставляли денежный налог «тамга» (от этого слова произошло слово «таможня»); кочевники и скотоводы выплачивали головами скота «копчур», а с земледельцев взималась пошлина «калан».
Среди высокопоставленных чиновников у Угэдэя служили Елюй Чуцай, уйгур Чинкай и тюрок мусульманин из Хорезма Махмуд Ялавач. Елюй Чуцай заведовал проведением экзаменов на занятие должности, которые по китайскому образцу проводили даже среди пленников и рабов. Таким образом, ему удалось освободить около 4 тыс. образованных пленников, ставших судьями или чиновниками. Елюй Чуцай лишал местных правителей самовольно присвоенных ими привилегий и судил за растрату общественных средств как за высшее преступление. Кроме того, он сформировал систему судов, подчиняющихся верховному суду; основал школы, в которых дети монголов получали китайское образование; ввел единую систему мер и весов и даже попытался сделать бумажные деньги единым платежным средством. Правда, многие из этих типично китайских порядков были приняты только на востоке империи.