Указ Николая I о ссылке духобор из Мелитопольского уезда в Закавказье был издан в 1839 году. Процесс переселения, тем не менее, был отложен из-за недостатка земли. Согласно указу, те, кто даёт показания в суде о том, что они не хотят отказываться от своей веры, должны быть изгнаны. Тем, кто принял православие, разрешили остаться на прежних местах. По данным Министерства внутренних дел, 217 духобор обратились с просьбой об отречении от своей религии и переходе в православие.
Ссылка и последующее перемещение духобор в Закавказье было разделено на три этапа. На первом этапе, который начинается в 1841 году, местом поселения был выбран Ахалкалакский уезд в Грузино-Имеретинской губернии на территории нынешней Грузии. Ежегодно планировалось переселение до четырёх тысяч человек или 80 семей. Первая группа духобор из 773 человек достигла Тбилиси только 1 сентября 1841 года. Весь процесс переселения длился до 1845 года.
Позднее часть духоборческой общины была переселена в Елизаветпольский уезд, одноименной губернии в нынешнем Азербайджане. После завоевания и основания Карской области в 1878 году духоборы позднее также поселились в этом районе. Согласно статистике 1887 года, в Закавказье в общей сложности насчитывалось 12 500 духобор с 1400 домами. Из них 6 600 духобор проживали в Ахалкалакском уезде, 700 в Борчалинском уезде, 2400 в Елизаветпольском уезде и 2800 духобор в Карской области.
Если обратить внимание на духоборческую общину в Закавказье, то в течение многих лет этим сообществом в основном управляла только семья Калмыковых. В Закавказье Илларион Калмыков был первоначально назначен руководителем общины в 1840-х годах, а до 1854 года его жена Мелания возглавляла общину. Начиная с 1854 года, 18-летний Петр Калмыков возглавлял духоборцев в Закавказье, который умер в 1864 году и впоследствии был сменён его женой Лукерьей Калмыковой. Лукерья была последней из династии Калмыковых, чьё происхождение восходит к Иллариону Побирохину ещё в 18 веке. По этой причине духоборцев в Закавказье, безусловно, можно охарактеризовать как монархическое сообщество в виде коммуны. Распределение ресурсов, тем не менее, было неравномерным, и некоторые обладали большей властью, чем другие.
