История айнов непростая. Теснимые веками японцами, они переселялись всё дальше на север, сначала на остров Хоккайдо, а потом и на Сахалин, Курильские острова и и даже на Камчатку. Так и получилось, что сахалинские айны оказались на стыке двух миров, две империи Российская и Японская делили Сахалин между собой. Приезжие завозили на остров болезни, лечиться от которых у аборигенов не было возможности, да и сами колонизаторы не очень беспокоились за здоровье айнов. Японцы также, как писал агроном М.С. Мицуль, обременяли айнов работой на рыбных промыслах, лишая их возможности заготовить необходимое количество рыбы для себя, что приводило к голоду. Все эти проблемы способствовали смертности и сокращению населения аборигенов.
Н.В. Рудановский был один из первых, кто считал сахалинских айнов в начале 1850-х годов. В своём отчёте он пишет следующее:
«Айны рассказывают, что тому лет 20 назад, как у них была повальная болезнь, которая уменьшила до половины народонаселение и что с тех пор не прибавляется.»
Исходя из этих строк можно предположить, что количество аборигенов ещё до первых переписей было значительно больше.
Численность населения айнов на Южном Сахалине в XIX-ом веке:
1860-е – 3000 чел.
1873 – 2370 чел.
1875 – 2500 чел.
1876 – 960 чел.
1889 – 1296 чел.
1895 – 1400 чел.
1897 – 1168 чел.
Таким образом, всего за 35-40 лет число айнов снова сократилось примерно в три раза. После насильственного переселения японскими властями части айнского населения на Хоккайдо в сентябре 1875 г. число селений и айнов в них значительно сократилось – до 50 селений и 960 человек, почти полностью опустели селения Анивского залива, некогда наиболее многолюдной местности на острове.
Население айнов по округам (по данным на 1875-й год, перед переселением айнов на Хоккайдо):
Анивский округ – 1100,
Восточное побережье – 750,
Западное побережье – 500.
Вывезенные японцами айны (примерно 840-850 чел.) на новом месте оказались в сложных условиях и многие умирали от болезней, со временем они возвращались обратно. Вернувшихся было немного, на Сахалине их стали называть «исикари айну» (по названию реки Исикари, в долину которой их селили японцы). Эти айны сильно отличались от других сахалинских айнов, они были в значительной степени японизированы, в то время как их соплеменники на Сахалине жили при русской власти.
Если внимательно посмотреть на данные о численности айнов в определенные периоды число их увеличивалось. Это объясняется более точной переписью населения туземных селений в первой половине 1870-х годов и постепенным возвращением исикари-айну в конце 1880-х. Резкое сокращение численности айнов в 1897 г. произошло после эпидемии оспы 1896 г., в Корсаковском округе от болезни умерло 103 человека.
После окончания Второй Мировой, в 1946-ом году айнов оставалось 1159 человек. Как японские подданные, сахалинские айны по собственному желанию в большинстве своём были репатриированы в Японию (свыше 1000 человек), на Сахалине осталось не более 100 человек. Но и они видимо со временем также в большинстве своём покинули остров, в 1979-ом году на Сахалине было зарегистрировано всего лишь 3 человека. Сейчас на острове можно встретить потомков аборигенов, которые уже являются смесью с русскими и другими национальностями. Самобытная культура сахалинских айнов ныне практически полностью утрачена.