Первый прообраз свободной торговой зоны на Руси появился вдоль Западной Двины. В средневековье она являлась одним из важнейших торговых путей, так как являлась частью известного пути «из варяг в греки», а также соединяла Арабский Халифат с восточнославянским миром. Свободная торговля разрешалась на самой реке и сухопутных дорогах вдоль нее. После расцвета Ганзейского союза Россия так же не осталась в стороне от развития ОЭЗ и стала использовать новые инструменты для расширения экспорта и насыщения товарами внутреннего рынка. К примеру, в 1228 году режим беспошлинной торговли был установлен в Смоленске. Крупными торговыми городами также стали Новгород и Псков, несмотря на их невыгодное географическое положение и удаленность от моря.
В средние века международный товарный обмен начал страдать из-за жесткого таможенного режима, который был установлен в большинстве европейских государств. В портовых городах начали появляться «порто-франко» – приморские гавани, отделенные от основной территории государства таможенной границей. В них было разрешено ввозить заграничные товары без уплаты пошлины, перемещение товаров в страну осуществлялся по общему режиму. Одним из первых порто-франко на территории России был организован в Батуми. Экономический механизм портов в то время был достаточно гибким, мог меняться под текущие условия и корректироваться в зависимости от достигнутых целей, насыщения рынка товарами, потребностей местных промышленных производств.
Движение товаров между порто-франко и зарубежными странами осуществлялся свободно без пошлин и административного оформления товаров. Торговцы также освобождались от обязательных выплат в бюджет города и не платили налог на прибыль. Ввоз товаров из порто-франко на территорию страны осуществлялся по общему таможенному режиму и облагался теми же налогами, что и товары, ввозимые в страну напрямую из других стран. Порто-франко отделялись от территории страны специальной таможенной границей. В таких районах интенсивнее развивалась промышленность, росла сеть транзитных перевозок, обеспечивалось стабильное снабжение населения товарами, которые не производились на территории страны, или в которых существовал дефицит внутри страны.
Во второй половине 19 века в состав России вошли Амурский и Уссурийский края. Так как эти регионы не имели устойчивых экономических связей с Россией, было решено разрешить на их территорию беспошлинный ввоз импортных товаров. На ситуация вскоре изменилась из-за постройки Сибирской железной дороги, развития средств связи и заселения территории. Необходимо было ограничить иностранную конкуренцию от зарождающейся отечественной промышленности. Поэтому в 1890 году режим «порто-франко» отменили, но оставили возможность беспошлинного ввоза товаров первой необходимости, сельскохозяйственной техники и семян. Возобновить свободную торговлю пришлось с 1904 по 1908 год из-за войны с Японией и необходимости использования Сибирской железной дороги для военных нужд. Похожий режим действовал Приморской и Якутской областях, а также для переселенцев в Мурманске на товары для собственного потребления.
В XX веке порто-франко сменяет другой инструмент – «свободные гавани». В отличие от порто-франко на этих территориях не разрешалось проживание лиц, не относящихся напрямую к эксплуатации и охране гавани. Разрешалось ввозить иностранные товары без пошлин, хранить их без ограничения срока, обрабатывать и перерабатывать, осуществлять любые торговые операции. В 1980-х годах в СССР наконец разрабатывается общая концепция существования свободных экономических зон как элемент внешней государственной политики. Позднее принимается решение о создании первых СЭЗ в Выборге и Находке. Однако они так и не смогли заработать в планируемых масштабах, несмотря на высокие ожидания правительства.
Первые прообразы современных ОЭЗ были созданы в 1990-е годы: «Янтарь» в Калининградской области и особая экономическая зона в Магаданской области. Сейчас на территории России действуют 43 особые экономические зоны. Их деятельность регулирует принятый в 2005 году Федеральный закон «Об особых экономических зонах в Российской Федерации», освещающий все вопросы, связанные с созданием и функционированием ОЭЗ. До сегодняшнего дня этот нормативный акт регулирует все вопросы, связанные с созданием и функционированием особых экономических зон на территории Российской Федерации.