Деревянное здание музея в Михайловском оказалось сожжено в годы Великой Отечественной войны. Выдержку из Акта об ущербе, причиненном нмецко-фашистскими захватчиками, опубликовали сотрудники Государственного архива Псковской области.
Каменный гранитный фундамент потрескался в нескольких местах и требовал ремонта. Кирпичные печи, отделанные кафелем, после пожара пришли в негодность. Кафель оказался полностью уничтожен. Железная крыша перегорела и сильно пострадала от снарядов и пулеметных пуль, обозначено в документе.
Также в акте подробно описано состояние зданий на территории музея, аллей, садов, мостов и места погребения поэта Александра Пушкина.
В годы войны вокруг музейных зданий были сделаны окопы и блиндажи. На их строительства требовались бревна, которые брали, в том числе, с Домика няни. От последнего остался только деревянный фундамент на кирпичных столбах в уровень земли.
Все разрушенные усадьбы — и Михайловское, и Петровское, и Тригорское предстояло восстановить и превратить в туристический центр хранителю музея Семену Гейченко.