Предки Годунова - природные костромичи, издавна служили боярами при московском дворе. Старшая ветвь рода, Сабуровы, процветала до времени Грозного, тогда как младшие ветви, Годуновы и Вельяниновы, пришли в упадок. Бывшие костромские бояре Годуновы со временем стали вяземскими помещиками. Вытесненные из узкого круга правящего боярства в разряд провинциальных дворян, они перестали получать придворные чины и ответственные воеводские назначения.
Борис Годунов родился незадолго до покорения Казани, в 1552 году. Его отец, Фёдор Иванович, был помещиком средней руки. Служебная карьера Фёдору не удалась. Фёдор и его брат Дмитрий сообща владели небольшой вотчиной в Костроме. В жизни Бориса это сыграло особую роль. После смерти отца его взял в свою семью дядя. Не только родственные чувства и ранняя кончина собственных детей побудили Дмитрия Ивановича принять особое участие в судьбе племянника. Важно было не допустить раздела последнего родового имения. Невысокое служебное положение и худородство, можно сказать спасли Годуновых в дни, когда разразилась опричная гроза. Дмитрий Годунов пережил все испытания и попал в опричный корпус в момент его формирования. Царь стремился вырваться из старого окружения. Ему нужны были новые люди, и он распахнул перед ними двери дворца. Так скромный вяземский помещик стал придворным. Служебные успехи дяди пошли на пользу племяннику Борису.
Дмитрий Годунов не принадлежал к плеяде учредителей опричнины. Свой первый думный чин он получил благодаря случайному обстоятельству - внезапной смерти постельничего Наумова. Годунов занял пост главы Постельного приказа в то время, когда первые страницы опричной истории были уже заполнены.
Волна опричного террора вынесла на поверхность таких авантюристов, как Малюта Скуратов и Василий Грязной.
Малюта Скуратов занимал одну из низших ступеней в монашеской иерархии: он числился пономарём. Но слава о его подвигах облетела всю страну. Последними жертвами опричнины стали её собственные творцы. Среди высших дворцовых чинов уцелел один постельничий Годунов. Союз Скуратова и Годунова возник под крышей Постельного приказа. Постельничим мог быть лишь расторопный и вездесущий человек, способный обставить жизнь царской семьи с неслыханной роскошью. Дмитрий Годунов вполне подходил для такой роли. Царь Иван дорожил домашними удобствами и не мог обойтись без его услуг. Постельный приказ отвечал за охрану царских покоев в ночное время. Руководствуясь политическим расчётом, Скуратов выдал дочь за племянника Дмитрия Годунова. Так Борис оказался зятем Малюты Скуратова.
В. О. Ключевский писал , что Борис Годунов не запятнал себя службой в опричнине и не уронил себя в глазах общества. Но это не совсем верно. На самом деле Борис надел опричный кафтан, едва достигнув совершеннолетия. На службе в ведомстве дяди он вскоре же получил свой первый придворный чин. В качестве стряпчего Борис исполнял при дворе камергерские обязанности. Тревожное опричное время мало благоприятствовало образованию Бориса. Младшие современники считали его вовсе неграмотным. Но как бы то ни было, в юности Борис получил лишь начатки образования. Современники не могли простить ему плохого знания Священного писания. Так что по меркам XVI века Годунов был малообразованным господином. С отменой опричнины и смертью Малюты жизнь двора претерпела большие перемены. Не сумев сохранить родство с царевичем Иваном, Годуновы решили утвердиться при дворе его младшего брата - царевича Фёдора. Вступая в пятый брак, царь Иван объявил, что намерен женить младшего сына. Дмитрий Годунов поспешил взять дело в свои руки и сосватал царевичу свою племянницу Ирину Годунову.
Бывший вяземский помещик Дмитрий Годунов удостоился боярского чина. Его многолетняя служба в составе опричнины, «двора» и «удела» получила высшую оценку.
За тридцатилетним Борисом Годуновым не числилось никаких государственных заслуг, но и его царь возвёл в боярское достоинство. Царь постоянно возлагал на Годуновых заботу о младшем сыне. Отправляясь в военные походы, он оставлял Фёдора в безопасном месте под их присмотром. Положение Бориса было весьма почётным, но оно ограничивало поле его деятельности стенами дворца. И Борис усердно постигал тайны дворцовых интриг.
В конце Ливонской войны в царской семье произошли события, круто изменившие судьбу Годуновых. В ноябре 1581 года царь поссорился со старшим сыном и в припадке гнева избил его. От страшного нервного потрясения и побоев царевич Иван слёг и вскоре умер. Смерть старшего брата открыла перед Фёдором путь к трону. Окружению Фёдора эта смерть была исключительно выгодна.
Завещание Грозного нанесло смертельный удар честолюбивым замыслам Годуновых. В качестве ближайших родственников Фёдора они готовились теперь забрать бразды правления в свои руки. Чтобы достичь власти, оставалось сделать один шаг. Именно в этот момент на их пути возникла непреодолимая преграда, воздвигнутая волей царя Ивана - регентский совет. При жизни Грозного его воля оказывала на события решающее влияние. Но с его смертью - а скончался Иван IV в марте 1584 года - всё переменилось. Опасаясь волнений, правительство пыталось скрыть правду от народа и объявило, будто есть ещё надежда на выздоровление государя. Но несмотря на старания властей, весть о смерти царя всё таки распространилась по городу и вызвала волнение в народе. Страх перед назревшим восстанием побудил бояр поспешить с решением вопроса о преемнике Грозного. Глубокой ночью они принесли присягу наследнику - царевичу Фёдору. 31 мая 1584 года столица торжественно отпраздновала коронацию нового царя..
6 января 1598 г. умер царь Федор Иоаннович. В феврале 1598 г. на Земском соборе Борис Годунов был избран новым русским царем. Борис Годунов пришел к власти не как представитель династии, а по приговору Земского собора, поэтому не обладал значительным авторитетом, чтобы единолично принимать решения.