Даже в годы Великой Отечественной Войны в трудных условиях эвакуации было сохранено основное чистокровное поголовье.
Краснодарский ипподром действовал и в годы войны за исключением периода временной оккупации. В июне 1943 года решением Исполнительного комитета Краснодарского Совета депутатов трудящихся было утверждено положение и уставной капитал Краснодарского краевого ипподрома. Адрес ипподрома значился: город Краснодар, Краснодарского края в Северо– Восточной части, на окраине. Сразу после окончания войны 15 июля 1945 году возобновились прерванные испытания лошадей. Работал тотализатор. В первый же послевоенный год на Краснодарском ипподроме было испытано 126 голов, из них 109 принадлежали колхозам Кубани. Помимо этих лошадей на ипподроме тренировался и готовился к испытаниям молодняк рожденный в 1944 году. В «пятилетнем плане восстановления и развития народного хозяйства Союза ССР на 1946 – 1950 гг.» определяется увеличение поголовья лошадей на 46%.
2 июня 1946 года стартовал вто