Слой слизи, продуцируемый бокаловидными клетками, выстилает эпителий желудочно-кишечного тракта и действует как барьер для микробного поражения тканей и может способствовать гомеостазу кишечника. Основным компонентом слизи является муцин. Некоторые бактериальные продукты, например короткоцепочные жирные кислоты стимулируют выработку слизи в ответ на пищевые компоненты. В свою очередь бактерии при помощи ферментов расщепляют муцин, для получения энергии, что создает постоянный обмен слизистого барьера. Многие бактерии могут прикрепляться к внешнему слою слизи толстой кишки и разрушать ее, но внутренний слой, как правило, свободен от бактерий. Хотя разрушение слизи бактериями является нормальной частью метаболизма слизистого барьера, избыток бактерий, разлагающих слизь, может способствовать воспалению тканей, ослабляя слизистую оболочку. Потеря целостности оболочки приводит к заболеванию «дырявый кишечник», что может иметь серьезные последствия для здоровья. В первые несколько лет жизни