Церковь Спаса Преображения, расположенная в юго-восточной части Горно-Алтайска на улице Матросова, является самым первым храмом в городе, построенном в новейшее время. Кирпичный храм с деревянным куполом и колокольней был возведен в 1988-1991 гг. по инициативе местных верующих жителей. До строительства Преображенской церкви в городе не было действующих храмов.
Возведению святыни предшествовали очень длительные переговоры между городскими властями и общиной. Власти не хотели предоставить общине место для строительства храма на территории города, да еще возле школы. Но к 1988 г. им удалось достичь согласия и между двух улиц - имени А. Матросова и Трудовой началось возведение Преображенского храма на участке, который завещала для церкви одна из местных прихожанок.
С августа 1988 г. богослужения стали проходить регулярно, сначала в молитвенном доме, а уже с октября 1989 г. - в церкви. Великое освящение Преображенского храма состоялось в августе 1991 г. епископом Новосибирским и Барнаульским Тихоном.
В 1994 г. при храме была возведена крестильная церковь в честь Серафима Саровского, а в 2008 - здание воскресной школы. В 2011 г. к 20-летнему юбилею церкви Спаса Преображения храм обновили и благоустроили территорию. Тогда были установлены новые сияющие купола и кресты, проведены отделочные работы, заменена кровля.
На сегодняшний день церковь Спаса Преображения занимает важное место в церковной и общественной жизни Горно-Алтайска. При храме работает одна из лучших воскресных школ в городе. В церкви хранятся святыни: несколько икон Спасителя, пожертвованные храму прихожанами, икона Царственных мучеников с землей из Ганиной ямы и камнем из подвала Ипатьевского дома, икона Св. Иннокентия Иркутского с частицей мощей, икона «Собор Святых» с Афонской горы и др.
