Пролог — Страна Волн
Охватываемые главы манги: 1 — 33
Первая сюжетная арка "Наруто". В ней описывается создание команды 7 после выпускных экзаменов в Академии, первые совместные миссии, а затем миссия по эскорту мостостроителя Тазуны домой, в Страну Волн, где происходит опасное сражение с братьями-демонами, Момочи Забузой и Хаку, беглыми шиноби из другого селения — Скрытого Тумана.
Экзамен на звание Чунин
Охватываемые главы манги: 34 — 115
Вторая сюжетная арка "Наруто", повествующая о экзамене на Чунина и о прохождении его командой 7. По ходу действия, в сюжет вводятся другие сверстники Наруто, а также один из основных антагонистов всего аниме — Орочимару.
Крушение Конохи
Охватываемые главы манги: 116 — 138
Третья сюжетная арка "Наруто", рассказывающая о предательском нападении объединённых сил Скрытого Звука и Скрытого Песка на Коноху для её разрушения во время одного из финальных боёв экзамена. Орочимару применяет Кучиёсе: Эдо Тенсей, за что расплачивается своими руками, а Третий Хокаге гибнет.
Поиски Цунаде
Охватываемые главы манги: 139 — 171
Четвёртая сюжетная арка "Наруто", в которой повествуется о путешествии Наруто и Джирайи по Стране Огня в поисках кандидата на пост Хокаге, Цунаде Сенджу. Саске сталкивается с Итачи, своим братом, уничтожившим их клан, и решает уйти к Орочимару в поисках силы, способной помочь победить его.
Миссия по возвращению Саске
Охватываемые главы манги: 172 — 238
Пятая сюжетная арка "Наруто". В ней повествуется о путешествии Саске к Орочимару и усилиях его друзей по возвращению обратно в деревню. Завершается схваткой между Саске и Наруто, в которой последний проигрывает. Позже, Наруто уходит в путешествие с Джирайей, который соглашается его тренировать.