Иоанно-Богословская церковь находится в Торжке, на улице Володарского, 78. До 1606 года на месте современного храма Иоанна Богослова существовал мужской монастырь, погибший в пожаре во время польско-литовской интервенции.
Существующая в настоящее время и стоящая на городском кладбище церковь в честь святого апостола Иоанна Богослова была возведена в 1782 году на средства, пожертвованные купцом И.И. Морозовым. Императрица Екатерина II Великая во время путешествия через Торжок принимала Морозова как человека, прославившегося своей благотворительностью, и из Старицы выслала ему икону святого апостола Иоанна Богослова. Эту икону поместили в иконостас над могилой 15-тилетнего сына купца, отрока Иоанна.
В 1844 году вокруг кладбища была сооружена каменная ограда, имеющая арочный выезд. Средства на ее строительство пожертвовал купец Бителев.
Среди похороненных на Иоанно-Богословском кладбище имеется немало известных личностей: полковник Д.Ф. Бек – герой боев на Шипке (1877-1878 годы), П.И. Вульф – владелец Павловского и приятель А.С. Пушкина, почетные граждане Торжка. Сохранилось некоторое количество родовых усыпальниц новоторжских купцов: Морозовых, Уваровых, Цвылевых, Вавулиных, Омининых, Новоселовых и других.
Иоанно-Богословская церковь была упразднена в 1939 году. Воссоздана и возвращена прихожанам в 1993 году по инициативе Р.Н. Мальхановой большого количества местных жителей и руководителей городских предприятий. В настоящее время является действующим храмом.