После выполнения задания по краже секретных данных элитным отрядом , ваша задача была передать данные своему генералу , сопровождающего вас по сюжету игры. Но после передачи данных подлый генерал Шепард достаёт пистолёт и стреляет сначала в главного героя , а далее в вашего напарника Ghost'а , а позже поджигает бойцов и скрывается на вертолёте.
По сюжету игры, главный герой Дезмонд Майлз должен был возглавить орден ассасинов в будущем , но в финале игры разработчики решили сделать неожиданный финал , и в одно мгновение убили всеми любимого персонажа серии игр Assasin's Creed
Под конец игры , после выполнения финального задания для Вито Скалетта , вас и вашего лучшего друга по сюжету игры , с которым вы были связаны весь свой криминальный путь , садят в машины. Далее Вито замечает , что машина с его другом , Джо Барбара , едет в другую сторону , после чего главарь мафии произносит легендарную фразу : "Прости , Джо в сделку не входил". Что дальше произошло с Джо - так и неизвестно.
