Во время Смуты донское казачество выступило на стороне антипольских сил и активно участвовало в освобождении Москвы, поддержав кандидатуру Михаила Романова на российский престол.
В то же время действия атамана донских казаков Ивана Заруцкого после изгнания поляков носили явный антиправительственный характер.
И хоть большая часть донского казачества не поддержала И.Заруцкого и его любовницу Марину Мнишек, но его нахождение в Астрахани, откуда он слал "воровские грамоты" с призывами к донским казакам тревожило Москву.
Поэтому несмотря на разруху в стране после Смуты уже в 1613 году в Войско Донское было послано жалованье.
В 1614 году Войско Донское было облагодетельствовано царским знаменем и вслед за этим требованием принять участие в борьбе против Ивана Заруцкого.
В 1615 году донским Войску Донскому была предоставлена особая царская грамота по которой им был представлен ряд особых прав и привилегий:
Они получали право свободно ездить в русские города и уезды для свиданий с родными и для беспошлинной торговли, а также получать царское жалованье. Разрешалась также казакам беспошлинная покупка в русских городах и уездах необходимых для них товаров. Обязательство казачества перед Москвой было выражено неопределенным образом и состояло в обязанности службы царю. В грамоте говорилось, чтобы казаки «нам, великому государю, служили и прямили и вперед во всем на наше царское жалованье были надежны». Обязательства правительства перед донскими казаками были выражены четко и определенно. Вместе с тем обязательства самих казаков перед московскими властями выражались неопределенно, в формуле «служили и прямили» - монография Н.Мининкова ДОН И РОССИЯ НА ПУТЯХ ВЫХОДА ИЗ СМУТЫ: ФОРМИРОВАНИЕ ОСНОВ ВЗАИМООТНОШЕНИЙ ПОСЛЕ 1613 Г
Таким образом на данном этапе Войско Донское было по сути вассалом Московского государства. Но не составной его частью. И русский царь с этим считался.
События 1617 года на Дону четко показали это. В этом году, сторонник сближения с Москвой Смага Степанов Чертенский был "выбит из круга", то есть выведен из руководящего состава.
В ответ жалование Войску Донскому было задержано до лучших времен в Воронеже.
К 1619 г. «смута» на Дону была прекращена. Во главе Войска Донского стали атаманы Епифан Радилов и Исай Мартемьянов, а также Смага Чертенский, упомянутый в 1623 г. как войсковой атаман. С этого времени войсковая власть распространилась на всю территорию «казачьего присуда», где располагались городки донских казаков. Проявилась эта власть в том же году, когда после разорения азовцами городка Маныч «з Дону де казаки послали по всем рекам х казаком же, и велели им сходитца на Дону, а з Дону все идут под Азов и под Озовым промышлять». Власть Войска была достаточно сильной. Сказалось это в 1627 г., когда под давлением московского правительства и по инициативе войскового атамана Епифана Радилова было принято решение о запрете под страхом смертной казни казачьих походов на Волгу для грабежа судов - монография Н.Мининкова ДОН И РОССИЯ НА ПУТЯХ ВЫХОДА ИЗ СМУТЫ: ФОРМИРОВАНИЕ ОСНОВ ВЗАИМООТНОШЕНИЙ ПОСЛЕ 1613 Г
С этого периода казачья вольница, когда каждый казак сам знал куда ему идти за добычей кончилась. Войско Донское как военная организация обрело свою структуру. Все казаки были приведены к покорности центровому казачьему кругу, которое стало слушать в первую очередь Москву, а уж потом мнение рядовых казаков.
Правда, во внешней политике донские казаки продолжали сохранять полную автономность. И даже несмотря на запрет русского царя продолжали самостоятельно воевать с турками. В 1632 году донские казаки убили царского посланника И.Карамышева, который прибыл требовать прекращения самостоятельных боевых действий.
Поэтому, хоть Московское государство обладало возможностями надавить на верхушку Войска Донского, но в свою очередь атаманы были вынуждены считаться с желанием низового казачества в войне с турками. Только так они могли прокормится - за счет военной добычи.
Таким образом, в середине 17 века Войско Донское оставалось по сути полувассальным государством, которое проводило самостоятельную внешнюю политику. Время полного включения донского казачества в состав Российского государства наступит только при Петре Первом.