Повсеместно, не исключая охраняемые территории, манул редок или крайне редок и его численность продолжает сокращаться. Местами он находится на грани исчезновения. Точная численность вида неизвестна из-за скрытного поведения манула и мозаичности его распространения. По данным экспертов, численность манула в 1989 и 1991 годах оценивалась: в Алтайском крае в 200—300 особей; в Бурятии— 50—70 особей; в Читинской области — 2000—2400 особей. Максимальная плотность животных в отдельных местообитаниях составляла 2,5—3 взрослых особи на 10 км². На рубеже 2000-х годов общая численность манулов в России оценивалась экспертами в 3000—3650 особей.
Манулы довольно успешно размножаются в неволе, хотя зоопарки сталкиваются с проблемой высокой смертности среди детёнышей манула от токсоплазмоза . На 1 января 1988 года в 13 коллекциях зоопарков мира содержалось 35 манулов. Приручению не поддаётся. Из-за слабой изученности экологии манула мероприятия по охране этого вида только разрабатываются.
Они занесены в Красную книгу.