В последнюю ледниковую эпоху северо-западная часть острова оставалась свободной от ледников. По мере отступления ледника началось быстрое проникновение на юг вдоль западного побережья Северной Америки первых человеческих племён, пришедших в Америку из Азии по перешейку Берингия. Это привело к тому, что плодородное побережье острова было заселено людьми уже 12 тысяч лет назад. Первыми поселенцами острова Ванкувер были индейцы Северо-западного побережья: народы квакиутл, нутка и представители прибрежных салишей. Квакиутл расселились в северной части острова, нутка — в западной, а салиши заняли обширные территории в южной части.
Дионисио Алкала Гальяно — первый европеец, проплывший вокруг острова Ванкувер
К моменту прибытия в регион первых европейцев у индейских народов острова сформировались развитые общественные отношения со сложной структурой[6]. Как правило, индейские поселения, здания которых возводились из кедровых брёвен, строились в защищённых бухтах или на реках на небольшом расстоянии от моря вверх по течению. Во время охотничьего сезона племена кочевали по своей, строго ограниченной, территории. К началу XIX века численность коренного населения острова составляла примерно 15 000 человек. Между племенами шла постоянная борьба за территорию и природные ресурсы, которую европейское оружие сделало ещё более кровопролитной.
Европейцы начали проявлять интерес к Ванкуверу в 1774 году, когда испанцы, опасаясь проникновения на эти территории русских, снарядили несколько экспедиций. В 1778 году на западном побережье острова высадился британский капитан Джеймс Кук. Примерно в это же время здесь появилось первое здание, построенное торговцем мехами, которое просуществовало до конца 1788 года.
В 1789 году Эстебан Хосе Мартинес Фернандес основал на острове испанское поселение, укреплённое артиллерийской батареей. Испанцы начали захват британских кораблей, что поставило две державы на грань войны. Спор разрешился в 1790 году, а в 1792, в соответствии с заключёнными соглашениями, состоялась встреча между британцем Джорджем Ванкувером и испанцем Хуаном Франсиско де ла Бодега-и-Куадра. Возникшие в процессе переговоров разногласия разрешить не удалось, но встреча прошла в дружеской обстановке, и было решено назвать новую землю «остров Ванкувер и Куадра». В XIX веке влияние Испании в регионе было окончательно утрачено, а остров получил современное наименование. В том же 1789 году испанский мореплаватель Дионисио Алькала Гальяно первым из европейцев совершил плавание вокруг острова.
В 1843 году Компания Гудзонова залива направила на Ванкувер Дугласа Джеймса с целью создания на острове форта и фактории. Результатом стало появление первого постоянного британского поселения — Форт-Камосака, позднее переименованного в Форт-Виктория. В 1846 по договору между США и Великобританией весь остров Ванкувер был признан британской территорией. Хотя согласно договору официальной границей между США и британскими владениями в Северной Америке становилась 49-я параллель северной широты, для того, чтобы Британия сохранила весь остров Ванкувер и южные острова залива, было решено, что граница пройдёт к югу от этого района[9]. В 1849 году остров Ванкувер получил статус британской колонии.
До конца 1850-х годов происходил медленный рост европейского населения, сопровождавшийся постепенным снижением числа коренных обитателей из-за войн и занесённых европейцами болезней (к 1881 году число индейцев на Ванкувере упало до 5600 человек). Рост населения ускорился, когда на Ванкувере нашли золото и уголь. Большой приток поселенцев был вызван золотой лихорадкой, а позже многие старатели, разочаровавшись в перспективе быстро разбогатеть, остались на острове в качестве фермеров и шахтёров. Помимо Виктории, ранними центрами заселения стали плодородные долины Ковичан и Куртне-Комокс, а в 1860-е годы началось развитие лесозаготовительной и деревообрабатывающей отрасли.
Первое законодательное собрание острова было сформировано в 1856 году. Значимость колонии постепенно утрачивалась, и в 1866 году она вошла в состав Британской Колумбии, в свою очередь в 1871 году ставшей провинцией суверенной Канады
В 1886 году начала работу железная дорога Эскимо и Нанаймо, благодаря которой лесозаготовители и горнодобывающие предприятия проникли в новые для себя районы острова. Это в свою очередь привело к стремительому росту населения, достигшего к 1900 году 51 тысячи человек. Этот рост замедлился в 1920-е годы из-за нехватки пахотных земель и постепенного истощения угольных месторождений
.