Большая часть правления Альфреда как короля Уэссекса была поглощена защитой его королевства от датских захватчиков. К тому времени, когда он стал королем, датские армии захватили англосаксонские королевства Нортумбрия, Восточную Англию и большую часть Мерсии, получив политическую власть в этих регионах и основав поселения армий. Королевство Альфреда, таким образом, оказалось в опасном положении.
Альфред начал сражаться с датчанами в 870 году, за несколько месяцев до вступления на престол. Он проиграл больше сражений, чем выиграл, но оказал достаточно сопротивления, чтобы остаться один на несколько лет. Однако в 876 году большие силы викингов при датском короле Гутруме начали совершать нападения на Уэссекс. Хотя эти первоначальные усилия не привели к значительным успехам, в 878 году Гутрум неожиданно напал на Альфреда и его армию в Чиппенхеме, что почти привело к полному подчинению Уэссекса. Опираясь на болота в Сомерсете, Альфред позже в том же году собрал армию и осадил Гутрум в Эдингтоне в так называемой битве при Эдингтоне., Датская армия сдалась, и Гутрум и его важные последователи были крещены. Позже они заселили Восточную Англию, регион, который стал известен как Данелау .
Хотя Альфред столкнулся с дальнейшими вторжениями датчан позже в его правлении, победа в Эдингтоне ознаменовала перерыв в борьбе, которая продолжалась до 885 года, и, кроме того, это доказало, что Уэссекс будет не так легко победить, как другие королевства в Англии. Последняя датская армия правления Альфреда пришла в 892 году, но этим захватчикам было намного труднее ворваться в Уэссекс. Их неоднократно блокировали, отбивали и осаждали, и их наступление прекратилось в 896 году. Неспособность датчан проникнуть в королевство была в значительной степени благодаря превосходной оборонительной стратегии Альфреда, которая включала в себя сеть бургов (фортов), которые простирались по всему его королевству , Бургы были местами, которые он построил и укрепил во время войны, гарантируя, что они постоянно укомплектованы. В 20 милях от каждого поселения в Уэссексе была такая крепость. Кроме того, Альфред позже заказал корабли, построенные по его собственному проекту, для использования против датских береговых рейдеров.