Чубенко Василий Эдуардович родился 6 сентября 1971 года в селе Большая Мартыновка (Ростовская обл.). В 1988 году поступил в Бакинское военное общевойсковое командное училище, а в 1991 году был переведён в Орджоникидзевское высшее общевойсковое командное училище. Проходил службу в дивизии оперативного назначения Северо-Кавказского округа внутренних войск МВД России. Командовал разведвзводом, с 1995 года - разведротой.
В 2000 году окончил Общевойсковую академию Вооружённых сил РФ. Участвовал во второй чеченской кампании. С 2004 года начальник разведки Московского округа внутренних войск МВД России. С декабря того же года возглавлял штаб оперативной группировки внутренних войск по Республике Дагестан.
26 июля 2005 года в пригороде Хасавюрта полковник Василий Чубенко руководил и лично принимал участие в спецоперации по задержанию лидеров бандгруппы, готовивших террористический акт среди мирного населения. В ходе боестолкновения один из боевиков попытался скрыться в лесном массиве. В ходе преследования полковнику Василию Чубенко удалось нейтрализовать преступника. Однако при этом сам офицер был смертельно ранен.
В результате спецоперации благодаря мужеству и героизму полковника Василия Чубенко были сорваны планы бандформирований по захвату школы в Хасавюрте и предотвращены многочисленные жертвы среди мирного населения.
Указом Президента РФ от 1 октября 2005 года полковник Чубенко Василий Эдуардович удостоен звания Героя Российской Федерации (посмертно).
Похоронен в Москве на Востряковском кладбище.