В вооруженных силах с 1921 года, участник Гражданской войны. В 1937 году окончил Военную академию им. М.В. Фрунзе. На фронте с 1941 года. Был командиром 79-го стрелкового корпуса (1-й Белорусский фронт).
Будучи в звании генерал-майора, Семен Никифорович Переверткин и его подчиненные принимали активное участие в Берлинской операции 16 апреля - 8 мая 1945 года. Части его корпуса первыми ворвались в центр Берлина, штурмом взяли рейхстаг.
После войны продолжал службу в армии, в 1953 году назначен заместителем министра внутренних дел, в чьем ведении по функциональным обязанностям находились погранвойска, внутренняя и конвойная охрана. Награжден двумя орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, другими наградами.
Генерал-полковник Переверткин погиб при исполнении служебных обязанностей в авиационной катастрофе 17 мая 1961 года. Похоронен в Москве. В Воронеже его именем названа улица. Звание Героя Советского Союза присвоено 29 мая 1945 года.