Борис Годунов родился в 1552 году. По легенде Годуновы происходили от татарского князя Чета, приехавшего на Русь во времена Ивана Калиты. Эта легенда занесена в летописи начала 17 в. По государеву родословцу 1555 Годуновы (как и Сабуровы, Вельяминовы) ведут свое происхождение от Дмитрия Зерна. Им был, по всей видимости, костромской вотчинник. При всей обоснованности этой точки зрения не исключается, что какая-то доля правды содержится и в легенде о Чете. Ведь не случайно родоначальники отдельных ветвей потомков Чета носили имена татарского происхождения (Сабур, Годун).
Отец Б. Ф. Годунова умер в конце 60-х гг. Сын стал опричником. Был женат на дочери царского любимца Малюты Скуратова. С начала 1570-х гг. начинается возвышение Годуновых. Сам Борис Федорович, хотя и стал боярином в сентябре 1580, но в круг близких царю Ивану Грозному людей еще не входил. По крайней мере, на свадьбе царя с Марией Нагой (ноябрь 1580) он удостоился быть лишь «дружкой» царицы. Зато показательна возросшая роль семьи: на этой свадьбе присутствовал целый клан Годуновых. Они медленно, но верно поднимались по иерархической лестнице: в конце 1570-х — начале 1580-х гг. они выиграли сразу несколько местнических дел, обретая довольно прочное положение среди московской знати.
Борис Годунов был умен и осторожен, стараясь до поры до времени держаться в тени. На его сестре Ирине женат был сын царя, Федор. Возвышение Годунова — плод исторической случайности и одновременно проявление общей закономерности саморазвития русского общества. Так и остался бы Борис в истории одним из многих Годуновых, если бы 9 ноября 1581 в Александровской слободе не произошла ссора царя с сыном Иваном. Грозный ударил его посохом и попал в висок, а через десять дней (19 ноября) царевич умер. Со смертью Ивана Ивановича наследником престола стал Федор.
До 1584 Борис Годунов не был близок к царю. Однако некоторые поступки и замыслы Грозного коренным образом затрагивали интересы Годуновых, особенно Бориса: царь хотел жениться на Марии Гастингс, родственнице английской королевы Елизаветы и развести Федора с бездетной Ириной Годуновой. В последний год жизни царя Борис Годунов обрел большое влияние при дворе. Вместе с Б. Я. Бельским он стал одним из приближенных людей Ивана Грозного. Не вполне ясна роль Годунова в истории смерти царя. 18 марта 1584 Грозный, по свидетельству Д. Горсея, был «удушен». Не исключено, что против царя был составлен заговор. Впрочем, антрополог М. М. Герасимов, изучавший останки царя, отверг версию об удушении. Во всяком случае, именно Годунов и Бельский находились рядом с царем в последние минуты его жизни, они же с крыльца объявили народу о смерти государя.
На престол вступил Федор Иванович. Новый царь был не способен управлять страной и нуждался в умном советнике. За право быть выразителем интересов нового монарха разгорелась острая борьба, и из нее Борис вышел победителем. 14 лет занимал престол Федор;. по крайней мере, 13 из них фактическим правителем был Годунов.