Пинакотека была основана во второй половине XVIII века папой Пием VI, собрав коллекцию картин, ставшей ядром музея. Однако для посетителей она стала открыта не разу.
Сначала коллекция пинакотеки находилась в папских покоях, но то и дело её перемещали из одного помещения в другое. Следующим пристанищем для картин стало крыло дворца Бельведер и там же 19 марта 1908 года состоялось официальное открытие для посетителей. В этом здании музей просуществовал 24 года.
В 1932 году папа приказал построить отдельное помещение, которое возвели достаточно быстро. Уже 27 октября 1932 года состоялось торжественное открытие. В этом помещении, архитектором которого стал Л. Бельтрами, коллекция размещается и по сей день.
В пинакотеки представлены произведения итальянских художников таких как Рафаэль Санти, Леонардо да Винчи, Тициана, Караваджо, Пьетро да Кортона, но есть и произведения византийских мастеров. Картины художников других стран практически отсутствуют, и несмотря на это, занимает эта коллекция 18 залов, которые располагаются в хронологическом порядке.
Интересно знать:
• Название пинакотеки происходит от греческого слова «pinakes» - деревянные либо обожженные глиной таблички с разрисованными иллюстрациями.
• Картины пинакотеки однажды оказались в Париже. В 1797 году по приказу Наполеона Бонапарта коллекцию увезли. Но оставалась не полной она всё-таки не долго и в 1815 году по решению Венского конгресса коллекцию вернули. К сожалению, часть картин вернулись в очень плохом состоянии, им был нанесен непоправимый ущерб.