В отличие от открытой политической и общественной деятельности личная жизнь Сергея Кужугетовича находится в тени. Известно, что с будущей женой министр обороны РФ познакомился в молодости, будучи студентом. На 5-м курсе вуза они узаконили отношения.
Сейчас супруга Сергея Шойгу возглавляет турфирму «Экспо-ЭМ», клиентами которой числятся не только частные лица, но и спасатели МЧС.
Кроме того, Ирина Шойгу занимает должность декана факультета «высшая школа спортивной индустрии» РЭУ имени Г. В. Плеханова, а также входит в состав попечительского совета детского соцфонда «Республика Спорт» и общественной организации «Международное гуманитарное измерение».
В семье министра обороны России двое детей — дочери Юлия и Ксения. Юлия руководит службой психологической помощи МЧС, а младшая дочь Шойгу получила диплом экономического факультета МГИМО. Примечательно, что Ксения снялась в эпизоде драмы Никиты Михалкова «Утомленные солнцем – 2», сыграв медсестру.