Клан — в самом широком смысле этого слова, понятие относится к семье или группе шиноби, которая формирует боевую единицу в деревнях шиноби.
7. Учиха
Клан Учиха — один из четырёх благородных кланов Скрытого Листа, считающийся сильнейшим кланом деревни благодаря Шарингану, а также врождённому боевому мастерству. После своей помощи в основании Конохи несколько десятилетий назад, Учиха всё больше изолировались от дел деревни, что привело к ещё большему числу смертей во время Резни Клана Учиха.
6. Кагуя
Клан Кагуя — ныне исчезнувший клан, известный за свою дикарскую боевую тактику и устаревшие ценности, а также происходящий от Кагуи Ооцуцуки. Лишь некоторые члены этого клана унаследовали производную от её первоначальной способности управления собственной костной структурой.
5. Юки
Клан Юки проживал в Стране Воды. Некоторое время назад страна была поглощена гражданской войной. В этой войне различные стороны сражались друг с другом, используя ниндзя в бою, некоторые из которых владели улучшенным геномом. После окончания войны воспоминания о чудовищных сражениях всё ещё жили в умах людей, что повлекло полномасштабное преследование людей с улучшенным геномом. По этой причине, клан Юки, чьи члены являлись носителями улучшенного генома Стихии Льда начали скрываться ради своей же безопасности.
4. Узумаки
Клан Узумаки был выдающимся кланом из Деревни Скрытого Водоворота. С момента его расформирования, многие из его известных членов проживают в Скрытом Листе, включая Пятую и Седьмого Хокаге как прямых его потомков.
3. Сенджу
Клан Сенджу был одним из кланов, ответственных за создание первой деревни шиноби — Деревни Скрытого Листа — вторым же был их бывший соперник, клан Учиха. Хотя сам клан в качестве группы просуществовал, по-видимому, немного, Сенджу продолжают влиять на политику Конохи через свою философию Воли Огня, а также соответствующее толкование роли титула Хокаге.
2. Хагоромо
Клан Хагоромо — один из самых первых кланов, существовавших во время эры, охваченной войной, предшествующей созданию скрытых деревень. О них известно не так много, кроме того, что они были одной из противоборствующих группировок, воюющей на стороне клана Учиха в бою против клана Сенджу.
1. Чиноике
Клан Чиноике — клан, проживавший на территории Страны Молнии во время создания скрытых деревень после Периода Воюющих Государств, известный использованием своих додзюцу и гендзюцу.