Комплекс противоракетной обороны А-35 «Алдан»-разработан как первая система обороны в мире для предотвращения ядерной ракетной атаки.
После защиты эскизного проекта пришлось пересмотреть некоторые основные положения разработки. Вновь выявленные данные, полученные в ходе испытаний системы «А», заставили авторов изменить некоторые принципы работы комплекса. Так, сохранение принципов наведения с применением одновременной работы трех радиолокационных станций, отвечающих за ведение противоракеты, могло привести к неприемлемо высоким тратам на строительство комплекса. Дело в том, что для требуемого количества стрельбовых комплексов с ракетами-перехватчиками при старом подходе требовалось построить до нескольких сотен РЛС.
По этой причине было решено сократить состав радиоэлектронных средств комплексов и соответствующим образом переработать проект. Следить за целью предлагалось при помощи только одной станции точного наведения, еще одна подобная система должна была отвечать за отслеживание противоракеты. Такая методика в некоторой мере ухудшала точность наведения и увеличивала отклонение ракеты от цели. Компенсировать потерю точности предлагалось при помощи более мощной ядерной боевой части. Все эти факторы привели к серьезной переработке тех или иных средств комплекса А-35 в сравнении с базовой «Системой «А».
После переработки общей архитектуры комплекса состав средств выглядел следующим образом. Для слежения за воздушным и космическим пространством предлагалось использовать новые РЛС обнаружения «Дунай-3», в том числе разных новых модификаций, которые должны были появляться по мере развития проекта. Точное определение координат цели планировалось осуществлять при помощи системы РКЦ-35, а станция РКИ-35 должна была следить за ракетой-перехватчиком. Общее управление комплексом выполнялось при помощи командно-вычислительного центра, связанного со всеми средствами. Также предлагались стрельбовые комплексы на основе пусковых установок с противоракетами нового типа А-350Ж.
Для использования в новом комплексе ПРО с конца пятидесятых годов разрабатывалась радиолокационная станция поиска целей «Дунай-3». При помощи нескольких станций этого типа предлагалось сформировать вокруг защищаемого района полное поле обзора. В течение шестидесятых годов были разработаны несколько новых модификаций этой РЛС, отличавшихся составом используемой аппаратуры и, как следствие, характеристиками. Результатом всех работ стало появление РЛС «Дунай-3У», «Дунай-3УП» и «Дунай-3М». Станции семейства могли непрерывно осуществлять слежение за окружающим пространством и одновременно отслеживать до 3 тыс. целей.
Также для системы А-35 была разработана радиолокационная станция канала цели РКЦ-35. Изделие общей высотой 25 м с зеркалом антенны диаметром 18 м должно было осуществлять сопровождение парной цели (боевая часть и третья ступень ракеты), выбранной для атаки стрельбового комплекса. Станция РКЦ-35 могла находить и сопровождать баллистические цели на дальностях до 1500 км.
Для управления всем комплексом были разработаны командно-вычислительные центры двух типов. Изначально предлагалось использовать систему на основе электронно-вычислительной машины 5Э92Б. ЭВМ использовала дискретные полупроводники и магнитные запоминающие устройства. Использовались два процессора с производительностью 500 тыс. и 37 тыс. операций в секунду, решавшие разные задачи. Позже с использованием системы 5Э92Б был разработан комплекс управления 5К96.
Поражение цели должно было производиться при помощи противоракеты нового типа, разработку которой поручили ОКБ-2 Минавиапрома. Это изделие известно под обозначениями В-1100, А-350Ж и 5В61. Изначально предлагалось разработать ракету-перехватчик на базе существующего изделия В-1000. Тем не менее, новые требования к такому оружию и технологические ограничения базовой конструкции привели к появлению совершенно нового боеприпаса, который был похож на существующий только некоторыми принципами работы и общими особенностями архитектуры.
По итогам новых работ появился проект управляемой ракеты, способной доставить на требуемую дальность сравнительно тяжелую боевую часть. Это была двухступенчатая ракета с твердотопливной стартовой ступенью и жидкостными двигателями на маршевой. Ракета имела характерный внешний вид с конической маршевой ступенью, на поверхности которой имелись конические выступы. Стартовая ступень была выполнена в виде блока из четырех отдельных двигателей, собранных в пакет и оснащенных стабилизаторами.