На развернутый и всесторонний ответ не претендую, скорее хочу проиллюстрировать, что утверждение о том, что культура средневековья была враждебна атеизму — скорее миф, чем факт.
Также нужно сделать оговорку, что атеизм в современном понимании этого слова тогда не существовал. Многие «атеисты» в те времена не отрицали существования бога, но критиковали церковь, священное писание и другие аспекты религий. Само слово «атеизм» первый раз было употреблено в письменном источнике во Франции в 16 веке. Поэтому мыслителей предыдущих эпох мы можем называть атеистами только с некоторой степенью условности.
Исландская Сага о Храфнекеле (события развиваются в Х веке) рассказывает об истории потери веры и обретения власти заглавным персонажем. Храфнекель изначально вводится как человек верующий (поклоняется Фрейру) и опасный дуэлянт. После унизительного поражения и разрушения храма врагами он теряет веру, становится менее агрессивным, начинает стараться мирно сосуществовать с соседями. Далее он постепенно восстанавливает утерянные позиции, мстит врагам и проживает остаток жизни как могущественный и влиятельный предводитель.
Широко распространена интерпретация этой истории в том смысле, что с прагматической точки зрения источник власти — это не религия, а лояльность подчиненных.
В тексте его прямо называют goðlauss, безбожник.
На Ближнем Востоке в отличие от Европы в это время атеизм часто (но тоже далеко не везде) считался ересью и, как следствие, серьезным преступлением. Но и там можно найти мыслителей, которых с некоторой долей уверенности можно назвать атеистами: Абу Иса аль-Варрак, Абуль-Ала аль-Маарри, Абу Бакр Мухаммад ибн Закария Ар-Рази, Ибн ар-Равенди.
В Индии традиции буддизма и джaйнизма отрицают существование личного бога или богов и таким образом их можно считать в какой-то мере атеистичными. На индийском субконтиненте даже в те дремучие времена, идеей о том, что бога нет было бы сложно кого-то удивить.
В общем, нет. «Смерть от атеизма» путешественнику во времени не гарантирована.