Уверенно можно сказать, что о большинстве операций ССО мы никогда ничего не узнаем – такова специфика работы подобных подразделений.
Бойцы подразделения принимали участие в борьбе с сомалийскими пиратами, на их счету несколько контртеррористических операций на Северном Кавказе. Практически не вызывает сомнений значительная роль бойцов ССО в крымских событиях 2014 года, хотя официальной информации по этому поводу нет. Украина неоднократно заявляла об участии этого подразделения в боевых действиях на Донбассе – российская сторона называет подобные обвинения ложью.
ССО принимает активное участие в сирийской кампании, начиная с момента ввода в эту страну российских войск. Силы специальных операций участвовали в штурме Алеппо, первом и во втором взятии Пальмиры, в боях против террористов под Дейр-эз-Зором. Кроме непосредственного участия в боевых действиях, военнослужащие ССО помогали сирийцам в качестве советников и инструкторов.
В Сирии бойцы ССО чаще всего занимаются поиском скоплений техники и живой силы противника, а также объектов его инфраструктуры, после чего по ним обычно наносятся бомбовые удары.Находясь на переднем крае, они нередко вступают в огневой контакт с противником. Например, в марте 2016 года лейтенант Прохоренко наводил авиацию на позиции боевиков, но был обнаружен противником и принял бой. Не желая сдаваться в плен, вызвал огонь на себя. Посмертно он был награжден звездой Героя России. В 2017 году отряд, состоящий из 16 спецназовцев, принял бой с многократно превосходившими его силами противника. Российские СМИ сообщали о 300 боевиках. Позже командир группы был награжден званием Героя России, еще три офицера получили ордена.