Происхождение древнего названия «кофе» вошло в английский язык в 1598 году от голландского слова «koffie». Ближайшая этимология: также кофий (1724 год). От арабск. قهوة (qahwah; первоначально означало вид вина). Женская форма слова qahwah (также означающего "тёмный", "сухой", "кислый") предположительно было выбрано как аналог женской формы слова khamr (خمر, "вино"), и первоначально означало "нечто тёмное". В ряде европейских языков слово заимствовано через турецкое слово «kahve». Существует версия, что «qahwah» произошло от имени эфиопского региона Каффы, родины кофейного дерева (в самом Каффе кофе называется «buno» или «bunna»). В XIX веке никогда не говорили, что кофе и какао пьют — их всегда «откушивали». В произведениях Гоголя, Островского и Гончарова часто встречается фраза «Он позволит откушать кофею».
В годы петровского правления словоформа «кофе» варьируется («кофий», «кофей», «кохей», «кефа», «кофа», «кофь», «кафе») в возможном соответствии с аналогами в западноевропейских и восточных языках. Для лингвистов наибольший интерес представляет в данном случае родовое оформление слова «кофе», получившее в русском языке мужской род вопреки формальному показателю финали «-е». В спорах о причинах этого некоторые лингвисты ссылаются на родовую характеристику этого слова в возможных языках заимствования (муж. род — в немецком, голландском и итальянском), а также на контекстуальную связь употребления слова «кофе» в ряду слов «овощ», «напиток». Согласно другому мнению, мужской род слова «кофе» следует считать наследием старой формы — кофей.
Армянское название кофе — սուրճ (surč), точная этимология неизвестна, самое раннее упоминание слова в источниках относится к 1787 году.