Начало
Вторжение Торговой Федерации на Набу способстствовало избранию сенатора Шива Палпатина на пост верховного канцлера Галактической Республики.
Политик-оппозиционер, граф Дуку (тайный ученик Дарта Сидиуса) в короткий срок создал альянс (Конфедерация Независимых Систем) из крупных коммерческих компаний Республики. Они были недовольны новым таможенным налогом, принятым Сенатом. Основными членами стали Торговая Федерация и Банковский клан, которые предоставили мощную финансовую базу. Создав союз, сепаратисты приступили к созданию армии дроидов, над производством которых работали десятки заводов во всех уголках галактики, также были осуществлены инвестиции в создание космического флота.
Республика была осведомлена о создании новой политической силы в Галактике, но недооценивала угрозу, которая была крайне высока. После неаккуратного исполнения задания по устранению сенатора Амидалы, джедаи выследили наёмника Джанго Фетта, след которого привёл джедаев на Джеонозис — систему, где находились крупные заводы дроидов и собрались на переговоры лидеры корпораций сепаратистов.
Благодаря Оби-Вану Кеноби Совет не только выследил Дуку, но и узнал о секретном проекте по производству армии клонов на планете Камино для нужд Республики, секретно запущенный бывшим верховным магистром джедаев Сайфо Диосом. Магистр Мэйс Винду отправился с джедаями на Джеонозис и с помощью армии клонов, приведённой магистром Йодой, нанёс крупное поражение сепаратистам.
В конечном итоге, верховному канцлеру Палпатину были даны чрезвычайные полномочия для того чтобы возглавить новую армию для борьбы с сепаратистами, вследствие чего он стал Императором. Так Галактическая Республика стала Галактической Империей.
Ход событий
По сути конфликт был обманным манёвром Дарта Сидиуса. Во главе армии дроидов КНС встал генерал Гривус — а граф Дуку стал верными и хитрыми диверсиями уничтожать джедаев, которые встали во главе армии клонов.
В основном сражения происходили на Дальнем Рубеже, где бои шли с переменным успехом. На фронте наступило временное затишье. Республика продолжала освобождать миры, в то время как КНС полностью отдала инициативу противнику и начала накапливать силы для нанесения мощного контрудара. В конце концов война перешла в сектор Внутреннего Кольца. Замысел сепаратистов заключался в захвате системы Корусант — столицы Республики. Дроиды под командованием генерала Гривуса выполнили поставленную задачу, и попутно захватили канцлера Палпатина.
Конец
Инсценировавший своё похищение Дарт Сидиус предоставил сепаратистам сильный козырь, но джедаи смогли освободить и возвратить его в столицу. После этого сражения инициатива перешла в руки Республики, а руководство сепаратистов послушно исполняло волю своего повелителя.
В ходе битвы при Корусанте Великая Армия Республики перешла в наступление и развила успех, разгромив войска КНС на нескольких участках фронта. Ордену стало известно о том, что канцлер Палпатин и владыка Сидиус — одно и то же лицо. Но тому удалось переманить на тёмную сторону Энакина Скайуокера. После этого был отдан Приказ 66, предписывавший уничтожение всех джедаев. Глубокий политический кризис, военные условия и преданность клонов помогли Палпатину реорганизовать Республику в Империю. Джедаи были объявлены вне закона, а руководство сепаратистов было уничтожено на планете Мустафар. После этого армия дроидов была отключена, и война фактически закончилась.
Юридически война не завершилась, поскольку мирный договор подписан не был — его просто некому было подписать.