Леонардо, Рафаэль, Микеланджело, Донателло и Сплинтер — это все имена четырех черепашек и крысы, которые являются подопытными в эксперименте одного ученого.
Он создает особый мутаген, который способен изменить живых существ до неузнаваемости. Конечно же, он человек добрый и верит, что его исследования, способны изменить мир к лучшему.
Вот только руководство, что стоит в тени, думает иначе. Злобный клан Фут, под управлением могущественного злодея Шредера, при помощи этого средства, планирует захватить город.
Ученый узнав о заговоре, уничтожает все исследования, но в ходе этого встречает свою смерть.
Подопытным черепашкам и крысе, удается спастись, при помощи маленькой девочки, дочери того ученого.
Вместе, они попадают в канализацию, где и начинается их новая жизнь. Под воздействием мутагена, они быстро меняются, обращаясь в разумных, человекоподобных созданий.
Конечно же, из-за их вида, внешний мир не примет героев, но это не значит, что они отвернутся от людей.
Нью-Йорк нуждается в героях, ведь клан Фут не оставил своих планов по захвату города.
Под руководством мудрого Сплинтера, черепашки освоят путь воина и встанут на защиту обычных жителей своего города.