Немного массовый читатель знает и о боевом пути Колчака в начале XX века. О нем не принято было говорить. О начале Русско-японской войны 1904-1905 годов морской офицер узнал в ходе полярной экспедиции. Он попросил перевести его из ведения Академии наук на флот, выразив горячее желание отправиться в Порт-Артур, где разворачивались основные военно-морские события начала войны.
Колчак командовал миноносцем "Сердитый", обстреливал неприятеля, ставил мины. В ночь на 13 декабря 1904 года на минах, поставленных им, подорвался и затонул японский крейсер "Такасаго", вместе с которым погибли 280 неприятельских моряков. Это была серьезная победа русского флота.
После того, как события вокруг Порт-Артура переместились на сухопутный фронт, Колчак списался на берег, где принял командование батарей разнокалиберных орудий и вплоть до сдачи крепости в январе 1905 года (по новому стилю), находился в боях, отбивая атаки японской пехоты. Его заслуги были отмечены многочисленными наградами, в том числе — Георгиевским оружием с надписью "За храбрость".