- В начале игры, когда нас застаёт выброс, ГГ получает задание "Вернуться на базу". Действительно в игре планировалось, чтобы Шрам сам пробивался под выбросом к базе Чистого неба. Однако перед релизом данный квест вырезали, а само задание сразу же отмечается, как отменённое.
- В игре говорится что напарник Стрелка, Клык, покупал у диггеров специальные осветительные приборы. Однако, не говорится, зачем. Есть мнение, что группа Стрелка собиралась идти через подземелья Припяти. Локация действительно планировалась, но в итоге была вырезана из игры.
- На болотах планировалась сцена с атакой болотной твари на отряд Чистого неба. Однако в релизе она проигрывается лишь иногда неподалёку от насосной станции. Когда мимо проходит отряд ренегатов со стороны руин деревни, проигрывается сцена, аналогичная сцене на НИИ Агропром.
- На Военных складах, в деревне Кровососов, внутри водонапорной башни, в Чистом Небе лестница железная, просто приваренная к стене. А в Тенях Чернобыля лестница винтовая, с пролетами. Объяснить такую кардинальную разницу невозможно, остаётся только предположить что ребята из Свободы сняли старую лесенку, и сделали новую, чтобы легче было забираться наверх.
- Недалеко от аномалии в Рыжем лесу, в которую согласно квесту предстоит прыгнуть, лежат трупы сталкеров. Среди них есть Отец Валерьян, который тем не менее одновременно находится в вполне живом состоянии на Кордоне.
- В Тенях Чернобыля, Призрак сообщает, что Клыка застрелил наёмник с «Винторезом» и шрамом на лице. Есть мнение, что это и есть главный герой игры - Шрам. Однако существует одна нестыковка,командир «Чистого Неба», Лебедев, говорит, что он пошлёт своих ребят убрать Клыка и Призрака, а Шрама посылает в погоню за Стрелком через Лиманск. Также он говорит «С этими двумя мы справимся сами». Разработчиками было подтверждено, что Клыка должен был убить Шрам, но впоследствии этот эпизод был вырезан.
- На локации НИИ Агропром, на базе Долга, можно найти здание, в котором располагаются чучела всех мутантов, в том числе и чучело кошки. Хотя эту кошку разработчики из игры вырезали.
