После поражения Шиннока от рук Кэсси Кейдж в Mortal Kombat 11 темный Рейден планирует защищать Земное Царство, уничтожая всех возможных врагов. Но таинственная женщина по имени Кроника, также известная как «Хранительница времени», пытается навести порядок во Вселенной любыми силами, в том числе и избавившись от Райдэна за вмешательство в события прошлого, как это показано в Mortal Kombat 2011, которые нарушили баланс между добром и злом.
Прошло два года после окончания событий последней части. Падший бог, правитель Нижнего Мира Шиннок потерпел поражение от рук Кэсси Кейдж и стал пленником бога грома Рейдена. Очищая источник энергии Земного Царства, Рейден впитал в себя много демонической порчи и изменился. Он отказался от своих пацифистских взглядов на жизнь и продолжает исполнять свой долг Защитника Земного Царства агрессивным путём.
Пролог. Храм Джинсей. Тёмный Рейден уже в очередной раз пытает пленного Шиннока молниями. В перерыве между пытками, падший бог сообщает Рейдену, что доволен изменениями и замечает, что тот носит его амулет. На что Тёмный Рейден отвечает, что сыт по горло наглостью врагов Земли и решает сделать из падшего бога устрашающее предостережение для них. Шиннок саркастически замечает, что его невозможно убить, так как он является Старшим Богом, пусть и падшим. На что Тёмный Рейден отвечает, что «есть участь пострашнее смерти» и отсекает Шинноку голову. Лишённая тела голова падшего бога переживает клиническую смерть и приходит в себя на каменном столе. Рейден сообщает голове, что собирается преподнести её новым правителям Преисподней — Лю Кенгу и Китане в качестве предупреждения. И исчезает из храма. Сразу после ухода Рейдена, голову Шиннока навещает неизвестная женщина, способная манипулировать временем. Она сообщает Шинноку, что не желала для него такой судьбы. Несмотря на отсутствие голоса, Шиннок узнал неизвестную и очень потрясен этим.
Также в сюжете МК11 появилась возможность выбирать две разные развилки сюжета, связанные с главными персонажами определенной главы.
Глава 1: Следующий из рода. Кэсси Кейдж
Военная база Спецназа в Аризонской пустыне. Кэсси Кейдж готовится к сдаче финального экзамена на звание коммандера. Генерал Соня Блейд произносит напутственную речь, упоминая Джексона Бриггса, демобилизованного из Спецназа по состоянию здоровья. Затем она объявляет о повышении Кэсси в звании, по традиции спецназа сразившись с ней в спарринге (Кэсси Кейдж против Сони). Та успешно сдаёт его, получает звание коммандера и поздравления от обоих родителей, Джонни Кейджа и Сони Блэйд. Но семейная идиллия оказалась недолгой — является Тёмный Рейден с недобрыми вестями: демоны готовят очередное вторжение в Земное Царство. Он предлагает контратаку на Храм Костей — дворец правителей Нижнего Мира. Также он сообщает, что бывших защитников Земного Царства и Внешнего Мира, которые стали врагами, уже не спасти. Джонни Кейдж недоволен новой политикой Рейдена и делает замечание, на что получает ответ, что для бога долг важнее чувств. Соня решает лично возглавить диверсионную вылазку в Нижний Мир. По совместному плану обеих сторон, Рейден переносит силы Спецназа в Нижний Мир и с помощью амулета Шиннока отвлекает на себя армию демонов. Военные же проникают во дворец незамеченными. Внутри Соня делит отряд на две группы: первая идет минировать несущие колонны дворца, а вторая, под командованием коммандера Кейдж, прикрывает их. Пока Кабал нападает на Кэсси и проигрывает ей (Кэсси Кейдж против Кабала), Джейд докладывает правителям о вторжении. Лю Кэнг понимает, что Рейден лишь отвлекает на себя внимание. Группа Сони успешно минирует дворец, но на обратном пути их встречают восставшие Лю Кэнг и Китана. Первый обваливает на спецназовцев потолок, хороня тех под обломками. Победив в дуэли Лю Кенга (Кэсси Кейдж против Лю Кенга),Кэсси в отчаянии пытается разобрать завалы и добраться до матери, но в ответ получает последний приказ убираться оттуда и просьбу обнять отца. Смертельно раненная Соня запускает обратный отсчёт до подрыва. Кэсси ведёт свою группу на прорыв из дворца и воссоединяется с Тёмным Рейденом. Громовержец в последний момент успевает переправить их всех обратно и дворец взрывается. Вторжение сорвано. По заплаканному лицу Кэсси Джонни Кейдж понимает, что произошло, и обнимают дочку, разделяя её горе.
Тем временем, к Лю Кэнгу и Китане, бессильно взирающим на руины дворца является та самая незнакомка из пролога игры. Это Кроника — хранительница времени. Она издавна наблюдала за происходившими событиями и недовольна действиями Рейдена, нарушившими все её дальнейшие планы. Она намерена переписать историю и основать Новую Эру, в которой для громовержца никогда не будет места. Кроника предлагает Китане и Лю Кэнгу место в Новой Эре и заручается их поддержкой, немедленно восстановив уничтоженный дворец. Она переносит новых союзников в свой дворец, где объясняет им свои мотивы. Она готовится слить временные эпохи воедино, дабы заручиться поддержкой бойцов из прошлого и настоящего.
Глава 2: Времятрясение. Котал Кан
Колизей Внешнего Мира. На арене Колизея вот-вот должна произойти казнь одного из сторонников бывшего императора Внешнего Мира Шао Кана, представителя расы шестируких нак’нада Коллектора. Однако в этот момент Кроника использует свои песочные часы, чтобы повернуть время вспять и слить прошлое и настоящее. На базе в Земном Царстве материализуются молодые версии Джонни Кейджа, Сони и Джакса, тогда как Тёмный Рейден стёрт из реальности, оставив после себя только амулет. На арене из столпов песка выходят враги Земного Царства - Скарлет, молодой Эррон Блэк, Барака, молодой Кано и Шао Кан. Однако прибывают и союзники - всё ещё живые Лю Кэнг, Кунг Лао, Китана, Джейд и... Рейден, ещё не затронутый порчей Шиннока. Он объясняет, что пришельцы «прибыли» сюда из времен второго Турнира, проведённого в этом же Колизее, 27 лет назад. Шао Кан в ярости от того, что его трон занял его военачальник Коталь, взявший себе титул 《Кан》. Между двумя Канами вспыхивает ссора, переходящая в смертельную схватку. Рейден слышал, что Коталь - человек чести, и Джейд ручается за него, потому громовержец отдаёт "своим" распоряжение выступить на стороне нынешнего Кана. Лю Кэнг спасает Коталя, ударив по Шао Кану своим фирменным "велосипедом". Коталь Кан пытается вернуться в бой, дорогу ему безуспешно пытается преградить Барака (Коталь Кан против Бараки), после чего Скарлет потоком крови уносит его в подвал Колизея, где он побеждает и её (Коталь Кан против Скарлет). Коталь Кан и Джейд - давние возлюбленные - воссоединяются, однако она отступает на помощь бойцам на поверхности, пока Коталь борется с молодым Эррон Блэком (Коталь Кан против Эррона Блэка). Вернувшись в Колизей, Коталь Кан вызывает на бой и побеждает Шао Кана (Коталь Кан против Шао Кана), но в последний момент того, вместе с его союзниками, спасает Ди'Вора. В улье Кайтинн, Кроника заручается помощью Шао Кана.
Глава 3: Монахи Шаолиня. Лю Кэнг и Кунг Лао
По пути в Академию Ву Ши, Лю Кэнг и Кунг Лао обсуждают своё темное будущее как восставших. Лю решает продолжать верить в Рейдена, но Кунг Лао настроен скептически.
Проникнув в Академию, монахи шаолиня сталкиваются со Скорпионом из своей шкалы времени. Один из монахов работает, чтобы отключить ловушки, в то время как другой борется со Скорпионом (Лю Кэнг или Кунг Лао против Скорпиона). Отключить ловушки не удаётся, и монахи почти погибают, но в последний момент их спасает восставшая Джейд (Лю Кэнг или Кунг Лао против Джейд) - преждевременная смерть монахов означала был исчезновение их будущих, восставших версий.
Рейден обращается к Старшим Богам, среди них к Цетрион, за советом. Старшие Боги сообщают ему, что для предотвращение временного армагеддона требуется остановить Кронику и её песочные часы. Цетрион так же сообщает, что судьба Рейдена не предопределена, и в его власти не становиться тираном.
Монахи натыкаются на Гераса, бессмертного подручного Кроники, укравшего несколько флаконов Джинсей. Герас знал, что они придут, благодаря восставшим Лю Кэнгу и Кунг Лао. После победы над своими будущими версиями (Лю Кэнг против Лю Кенга или Кунг Лао против Кунг Лао) шаолиньские монахи сразились и победили Гераса (Лю Кэнг или Кунг Лао против Гераса), однако он успел в последний момент остановить время. Забрав флаконы с Джинсей, Герас, вместе с Кроникой, уходит.
Кроника собирает своих союзников - Китану от Нижнего Мира, Шао Кана от Внешнего, и киборга Сектора от клана Лин Куэй. Рейден возвращается в Земное Царство, и, сверив информацию, ставит следующие задачу, дав Лю Кэнгу и Кунг Лао клятву, что не причинит им вреда. Кэсси Кейдж сообщает Рейдену, что клан Лин Куэй сильно пострадал во время-трясении из-за воскрешения киборга-грандмастера Сектора, но Саб-Зиро и Ханзо Хасаши - бывший Скорпион - уже занимаются этим.
Глава 4: Огонь и лёд. Саб-Зиро и Скорпион
В карьере, Куай Лианг (Саб-Зиро) и Ханзо Хасаши (бывший Скорпион) планируют вторжение на реактивированную Сектором фабрику Кибер Лин Куэй. Саб-Зиро рассказывает о своем плане проникновения на фабрику - поскольку нападение на главный вход будет кровавым, Саб-Зиро предлагает войти в менее оживлённый вход.
Внутри два воина прячутся, когда в комнату входят Сайракс и неизвестная женщина. Саб-Зиро объясняет, что именно Сайракс - ключ в его плане: он стал киборгом против своей воли, и если отключить контролирующий его поведение чип, он сможет отключить весь Кибер Лин Куэй, включая себя самого, т.к. они все подключены к одной сети. При попытке добраться до Сайракса, одному из воинов приходится сразиться со спутницей Сайракса - Фрост (Саб-Зиро или Скорпион против Фрост), а затем и самим Сайраксом (Саб-Зиро или Скорпион против Сайракса), отключив его чип. Пока сознание Сайркса перезагружается, воины отражают атаку Нуба Сайбота (Би-Хана) (Саб-Зиро или Скорпион против Нуба Сайбота).
Сайракс приходит в себя, понимает, к своему ужасу, что с ним случилось, и соглашается сыграть свою роль в уничтожении Кибер Лин Куэй. Приходит Сектор и выстреливает в троицу, однако Сайракс останавливает ракеты, используя свою сеть. Пока один из двух воинов помогает Сайраксу, второй побеждает Сектора (Саб-Зиро или Скорпион против Сектора).
На время попрощавшись с Саб-Зиро, Сайракс уничтожает основной источник питания фабрики, который отключает его и остальную часть Кибер Лин Куэй, включая Сектора, которого Фрост и Нуб доставляют обратно в логово Кроники. Куай Лианг и Ханзо решают первым делом доложить о ситуации Рейдену.
Вернувшись в логово Кроники, Герас расспрашивает Кано и Эррона Блэка из прошлого о том, могут ли они восстановить Сектора и можно ли его копировать сотни и тысячи раз. Внезапно появляется Кано из настоящего и заверяет их, что служить Кронике будет для них крайне выгодно.
На базе спецназа Джеки Бриггс пытается дозвониться до своего отца, молодая версия которого стоит прямо рядом с ней, но телефонная сеть отключена. Джекс у себя дома безуспешно пытается сделать тоже самое, пока, в безысходности засыпает на кресле. К нему приходит Кроника и вербует его, обещая ему в Новой Эре прекрасную военную карьеру, и что его дочь не пойдёт по его стопам, как он всегда и хотел.