Это химические элементы, входящие в состав организмов (растений и животных) и выполняющие определенные биологические функции. К основным биогенным элементам, содержащимся в сточных водах, относятся азот и фосфор. Их повышенное содержание вредит водоему: создаются благоприятные условия для бурного развития водорослей (цветения воды), что приводит к понижению содержания кислорода, гибели рыб и других живых организмов. От биогенных элементов сточные воды необходимо очищать. Для очистки используется биологическая очистка с помощью активного ила. Это сложный процесс, требующий применения специальных технологий, которые внедрены и используются в Москве.