В квесте "Замеры в аномалиях" сталкеры в числе прочего замеряют уровень поля аномалий. Сталкеры прекрасно осведомлены о том, что расположение аномалий изменяется после выброса, это же сообщается игроку в начале игры. Тем не менее, военные об этом не имели понятия, хотя имеются приборы наблюдения за расположением аномалий в воздухе,также СБУ спецназе и прочих ведомства бывших сталкеров, в частности сам Дягтерев.
В отряде полковника Ковальского присутствуют два бойца - капитан Тарасов и прапорщик Волентир. Эти герои списаны с персонажей советских фильмов "В зоне особого внимания" и "Ответный ход".
Контролёры обрели способность внушать свои слова другим существам. Во всех скриптовых сценах, где показывается Дегтярёв от третьего лица, он без шлема ( даже если тот встроен в костюм ).
Во вступительном ролике перед началом игры говорится что майор Дегтярёв начинает своё расследование "с двухнедельным запасом провизии" но в начале игры в его рюкзаке лежит палка колбасы, батон хлеба и 2 банки консервов. Остаётся только догадываться, как майор должен питаться этим 14 дней. Хотя можно предположить что Дегтярёв добирался до точки, где начинается игра, как раз где-то около двух недель, на что указывают некоторые звуковые файлы игры, вырезанные из вступительного ролика.
Если получить достижение "Научный сотрудник", то Герман (учёный) разработает и начнет продавать препарат, защищающий от Выброса. Но три этих препарата можно найти в тайниках на Затоне еще до этого.
Если спрашивать сталкеров об Оазисе, то они скажут что он находится в Припяти под колесом обозрения, которого нет в игре,но она видна за пределами карты.
В записке Клыка Стрелку, в одном из тайников, говорится про некий тайник в Припяти. Действительно, в части Тень Чернобыля есть схрон "Хабар Клыка" с экзоскелетом.
В игре есть отсылка к Call of Duty: Modern Warfarе: операция одиночный выстрел, с таким же названием и содержанием как и в Call of Duty: Modern Warfare.
Если внимательно присмотреться к экранам мониторов в лагере ученых на "Юпитере" (компьютеры с результатами исследований),то можно заметить, что на экране просматривается папка gamedata игры, конкретно модели монстров и артефактов.
Как минимум один автомобиль в игре вместо советского автомобильного номера имеет современный номер 11 региона Украины.