Потомкам он запомнился как выдающийся ученый, талантливый писатель и режиссер, автор множества книг и фильмов. По одной версии, отец Кусто, Данила Куст, переехал во Францию из нынешней Витебской области Беларуси. После женитьбы на матери Жака Ива он переделал фамилию на французский лад. По другой версии, у Кусто полностью французские корни.
Одновременно Кусто занялся конструированием аппарата для погружения на дно океана с использованием сжатого воздуха из баллонов. В 1943 году был создан прототип акваланга, который затем совершенствовался. Исследуя с этим аппаратом глубины, он занялся научной деятельностью, снимал документальные фильмы, писал книги. С 1950 года путешествовал на судне «Калипсо», ставшем символом океанографии. В 1957 году Кусто возглавил Океанографический музей Монако и начал постоянные экспедиции по исследованию морских обитателей, одним из самых известных его научных открытий стало обнаружение внутреннего сонара у китообразных. Ученый создал некоммерческий фонд по защите обитателей подводного мира.
Всю жизнь исследователь боролся за охрану окружающей среды, при его деятельном участии в 1991 году 45 стран подписали Мадридский протокол по охране Антарктики. Кусто запретил разработку полезных ископаемых в антарктическом регионе, здесь разрешена только научно-исследовательская деятельность.
За выдающиеся результаты научных изысканий Кусто был посвящен в командоры ордена Почетного легиона, стал контр-адмиралом, членом Французской академии, почетным доктором Российского химико-технологического университета и других научных обществ и академий. В 1961 году президент США Джон Кеннеди наградил его золотой медалью Национального географического общества. На ней начертаны слова: «Человеку Земли, который дал людям ключ от мира безмолвия».
Среди различных памятников Кусто есть и подводные памятники – в крымской Алуште и на Гваделупе. В 2011 году ко Всемирному дню океанографии в Беларуси в Минском центре океанографии на улице Брилевской был установлен бюст Кусто и открыта экспозиция, посвященная его исследованиям. Во Франции изготовлена памятная медаль в честь Кусто, экземпляр медали хранится в Гомеле.